老师,请教您一个关于RNAseq数据分析的问题,如果我有1个对照组、3-5个实验组(每个实验组有两个重复),我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗?可以用什么方法呢? 我目前只接触过两组间(1个对照组、1个实验组)基因表达数据的差异分析,未接触过多个实验组数据的分析,所以想请教下老师,希望得到您的帮助,先谢谢您啦!

请问多个处理组分别和对照组比对,比如处理组1和对照组比对,在命令中是怎么输入啊?老师,教程上是一个处理组一个对照组,-r指定对照组就行,但是如果还要指定对照组,怎么输入呢?谢谢!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

多个实验组和对照比较,还是一样的,

多个处理组分别和对照组做差异比较分析;

你准备一个分组文件,像课程一样做成两列,第一列为样本,第二列为分组,其他不相干的样本删除;

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  • 提出于 2022-05-22 14:53

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