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问题 基因家族中，不含有保守序列的基因要删除吗？

老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到...

问题 基因家族中，不含有保守序列的基因要删除吗？

老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到...

问题 请问老师，有没有脚本可以批量删除一个fasta文件中，序列ID中包含g2和orf2的序列

比如上图中，想删掉>c113288_g2序列，请问老师有可以批量进行删除的脚本么？谢谢！

问题 基因组调研图制作，kmer分析过程中，jellyfish无法找到

我在学习课程动植物基因组组装时，使用组学大课堂的镜像omicsclass/organelle-assmembly，jellyfish无法找到，我尝试下载jellyfish后仍无法找到此命令，下图为我下载后得到的文件

文章 circos当中的颜色介绍

...55,0,0 # RGB definition red = hsv(0,1,1) # HSV definition 2 circos当中还支持事先定义的颜色， 可以直接用一些字符来表示颜色，常见的：red, orange, yellow, green, blue, and purple等，可在这些颜色前面加上修饰，变换颜色的深浅：例如vvlred...

问题 转录组WGCNA分析中，要做模块与性状相关性图，怎么定义性状？

请问：现在我取了花蕾的六个发育时期，两个生物学重复，现在怎么定义性状数据？

问题 使用docker镜像中的OrthoFinder.py检测单拷贝直系同源基因分析报错

使用OrthoFinder.py检测单拷贝直系同源基因时报错

文章 提取进化树中基因的顺序

进化树中基因是有顺序的，有些时候我们会需要用到这个基因列表，如果，手动来做就会比较麻烦。哪有什么快速的方法吗？ 其实有的，进化树的nwk文件中就有基因的顺序：如下： (chicken,((mouse,rat),(chimp,human))); 能够发现图...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

老师，您好，我在学习您的课程（RNAseq自主分析）中，使用docker分析转录组获取全长时候总是出现报错，命令行为，python ../scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g genome.gtf -p gene_length；报错信息为： Traceback (most recent call last):  File "../scri...

文章 提取R中字符向量中的所有最大长度值，提取向量最大值

使用max命令仅返回“cab”.但是,我想要所有最大长度的字符串.我该怎么做？a <- c("110","101","abc","cab")要测量字符串的“长度”,您必须使用像nchar这样的东西.如果您希望所有具有最大字符数的元素都可以使用nchar(a)== max(nchar(a))进...

问题 GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

具体问题提示为：java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is diploid, but the genotype at position Chr2:35902177 is haploid

文章 perl 从数组随机抽取元素

文章简单介绍一下perl中如何随机抽取数组中的一个元素。 这里用到List::Util模块中的shuffle子程序，List::Util模块是Perl中专门用于处理列表数据的一个模块。 方法如下： use List::Util qw(shuffle);my @shuffled_nums = shuffle(1..10);   # ...

文章 深入理解Linux shell中2>&1的含义 标准错误输出与输入

1 和 2 在 Linux 中代表什么 在Linux系统中0 1 2是一个文件描述符 从上表看的出来，我们平时使用的 echo "hello" > t.log 其实也可以写成 echo "hello" 1> t.log 关于2>&1的含义 关于输入/输出重定向本文就不细说了，不懂的...

问题 比较基因组学分析共线性中 No module named jcvi.compara

我是下载安装的课程中的LINUX 一个报错：manager@bl8vbox[mcscan_between_genome] /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Pp --cscore=0.7 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python: No module named jcvi.compara 之后我去看了根目录下是否...

文章 16S聚类还是降噪？

...近些年已经广泛应用于扩增子高通量测序数据的分析过程中。经典的Uparse就是通过序列之间的相似度为阈值(一般选择97%)将序列划分为OTUs。利用Semantic Scholar进行查询，Uparse目前总引用次数为6301，2015-2017年平均引用次数2125次。 ...