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问题 用R语言绘制旭日图但无法控制配色

...和绘图结果如下： mypalette<-c("#8C8C8C","#87CEFA","#FF00FF","#B22222","#EE9A49","#858585","#080808","#836FFF","#87CEFF","#7FFFD4","#008B8B","#CD661D","#CDC9A5","#0000FF","#00FF00","#EDEDED","#FAEBD7","#666666","#EE0000","#8E388E","#C1FFC1") ggplot(data, aes(x=size, y=per,fill=species))+...

问题 微生物16S分析时候，两端测序数据拼接

...数据双端合并的时候，执行这项代码：  qiime vsearch merge-pairs \     --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.qza \     --p-threads  7 \     --o-merged-sequences demux-joined.qza后，查看合并结果，发现合并前后数据少了特别多。例如：合并前正...

问题 KEGG和GO富集分析报错问题

P和Q值设置为1，依旧提示报错：Failed to create bus connection: No such file or directory --&gt; No gene can be mapped.... --&gt; Expected input gene ID: LOC105382119,LOC105392385,LOC105383189,LOC105384039,LOC105384627,LOC105384151 --&gt; return NULL... Error in barplot.default(kegg, ...

文章 基因组组装GC 含量与深度图：

library("argparse")#############################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2022.07.10#version 1.0#学习R课程：#R 语言入门与基础绘图：# https://zzw.h5.xeknow.com/s/2G8tHr#R 语言绘图ggplot等等：# https:/...

文章 linux系统中ls命令的常用用

...   每行只列出一个文件 -h              用"K","M","G"来显示文件和目录的大小。 这就是比较常用的ls命令。

文章 perl语言——正则表达式

正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非常强大，基本上是常用语言中最...

文章 神论文！浙大博士写130页论文，教大家怎样挑西瓜....

...？作为吃瓜大国的吃瓜群众，学霸姐姐也经常被挑西瓜这个技术活儿难倒，有人说要敲一下，听声音，清音、浊音、鼓音、实音、过清音......头头是道！还是饶了我吧，真心听不出来;还有人说，要看西瓜的纹路和颜色，绿色为...

文章 去除文件中的空行

测试文件如下： $ cat tmp.txt a b c d e sed $ sed '/^$/d' tmp.txt grep $ grep . tmp.txt or $ grep -Ev "^$" tmp.txt or $ grep -v -e '^$' tmp.txt awk $ awk NF tmp.txt or $ awk '!/^$/' tmp.txt or $ awk '/./' tmp.txt tr $ cat tmp.txt | tr -s '\n' 此外，我们在网易云课堂上...

文章 pip安装python模块

python模块安装还是非常简单的，只要把pip安装好之后，一切都用一条命令搞定。 如果你使用的是从 python.org 下载的Python 2 &gt;=2.7.9 或者Python 3 &gt;=3.4，那么pip是已经安装了。 1. pip安装首先需要下载并安装setuptools，否则提示：...

问题 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

下面这几个文件是从ensembleplant 网站下载的，Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ，  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa ， Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ，格式信息如截图所示（我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修...

文章 Graphpad Prism绘制分组直方图

...列数据个数。 2.如图所示，填写表格数据。数据分A、B两组，每一行为一项数据。 3.点击"Graphs" 中的 "Data 1" 展示结果图。 还可以选择其他形式的分组直方图： （1） （2） 此外，我们在网易云课堂上...

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

...用sort | uniq -c，那用awk怎么操作呢? 示例文件test.txt a 00 b 01 c 00 d 02 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt 运行结果： 00 201 102 1 2、只统计文件test.txt中第2列"00"或"01"...

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...越来越多的研究者开始利用全基因组重测序技术来分析一个物种的遗传多样性，并进行GWAS关联分析。但是要做好一篇GWAS文章，其投入也是不菲的，少则几十万，多则上百万。有人就说了，这么大的投入能得到与之匹配的产出么...

问题 怎么利用perl，根据gene_id的配对关系，批量替换gene_id.

有idlist.txt (包括gene_id 列（A列），和其对应的配对关系B列 ), 另还有一个sequence_fasta.fa文件（含基因gene_id），现想利用idlist配对关系，批量替换sequece_fasta文件中的gene_id. 请问怎么写perl脚本批量替换， 实现 perl  ？？.pl  idlist  se...

文章 IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

最新研究证实，人体体表与体内共生着约100000亿个细菌、病毒及真菌等微生物，这些微生物的数量是人体自身细胞的10倍，它们独特编码的基因数量比人体自身的基因组多100倍，有1000到1150种细菌定植在肠道内，其中约160种是人...