老师，您好。我再用vcftools计算Fst和Pi时，设置的窗口步长是一致的，但是跑出来的结果有一些区域出现了跳过的情况，导致两个文件的窗口不一致，如图所示，pi值的范围直接从15w到了50我，怎么解决这一问题呢？
...差异表达的基因，就是的样本失去了多样性。 3. RNA-seq 数据是否可以进行WGCNA分析？ 3.1 转录组的数据可以进行WGCNA的分析 。 3.2 基因的表达量需要进行标准化才可以分析 。 4. WGCNA 的分析基础是什么？ 1. ...
1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？ GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前...
...有500多个，可是文献里鉴定出来的是14个左右，想问一下筛选的cdd条件怎么确定呢？使用STKc_MAPK作为筛选条件只有3个，STKc_MAP作为筛选有7个，以STKc作为筛选有163个，我查阅了文献，他们的筛选方法是保证有STK，丝氨酸和组氨酸...
piranha输出的bed文件会把每一个bin给出一个p值，大部分bin的p值都小于0.01，要怎么筛选出显著的peak去找motif？如果一个peak跨两个bin，给出的p值是bin的而不是peak的，这种要怎么处理？
按着步骤下来，这是什么原因呢？是我哪里弄错了吗？ 该怎么解决呢？老师们
limma 筛选差异基因的时候，上调基因80多个，很少，但是下调基因多大900 多个，这样正常吗？请教大家一下，谢谢 # 以logFC>1，Qvalue<0.05为阈值进行过滤up <- subset(DEG1, adj.P.Val < 0.05 & DEG1$logFC >= 1)down <- subset(DEG1, ad...
...t()函数 psych这个包里的corr.test()函数是可以直接计算两个数据集变量之间的相关性的，这个结果里也有显著性检验的p值 输入文件格式见例子中的df1与df2 library(psych)cor.result <- corr.test(df1,df2,method = method,adjust = adjust)result.r <- c...
#根据序列ID特点筛选对应ID序列$ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa >hsa-let-7a-1 MI0000060 Homo sapiens let-7a-1 stem-loop UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAU ACAAUCUACUGUCUUUCCUA >hsa-let-7a-2 MI0000061 Homo sapiens let-7a-2 stem-loop AGGUUGAGGUAGU...
...是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又在Pfam数据库中搜索了保守的结构域，用氨基酸建树，结果还...
st 与 pi 联合 筛选受选择区域 fst_pi_select_sweep.r --fst Fst.wild.cultivated.windowed.weir.fst \ --pi1 pi.wild.windowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \ -A wild -B cultivated -c 0.05 -n fst-pi.wild-vs-cultivated -f pdf fst_pi_select_sweep.r --fst Fst...