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文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)

数据介绍: 来自谷歌翻译: 通过转录分析跨肺腺癌不同进展阶段患者的单细胞,我们提供了未治疗原发肿瘤上皮再生的证据,以及跨越胚胎发育关键阶段和转移中肺形态发生的表型连续体。我们通过转录分析分析了 41,384 个来...

文章 提取进化树中基因的顺序

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

...频过程中,老师讲如果组装不成环,可能考虑是不是原始数据的问题,进而根据数据库过滤数据后在进行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对正常,但是输出给samtools就有问题。报错如下图:

文章 使用AI批量统计fastq文件的测序量

我的文件夹下面几十个样本的双端测序数据,需要进行数据量的统计,让AI帮我批量编写代码整理一下: AI误解了统计数据量的意思,我需要的是统计碱基数而不是统计reads条数,于是我和deepseek重新正确的描述了一下我的要求...

问题 请问在重测序数据比对参考基因组时,参考基因组中除chr外还含有contig,是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了,对后续的变异检测有没有影响?

问题 BLAST 比对建库

...交到了NCBI-CD-search,获得了如下结果(图一);提交到Pfam数据库,获得了图二暂未出结果(图二);提交到SMART数据库,得到了图三所示结果(图三)。 图一 图二 图三 在CD-search 里面,Incomplete出现N/C/NC端不完整的片段,...

问题 重复序列分析,去除含有基因序列的库文件时候报错,你们示例数据也有这样的问题

... 00000000 00000000 00000000AT 00000000 GC 00000000 明显你们的示例数据也计算错误。是不是脚本有问题

问题 RNAseq转录组-基因差异表达分析

老师,请教您一个关于RNAseq数据分析的问题,如果我有1个对照组、3-5个实验组(每个实验组有两个重复),我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗?可以用什么方法呢? 我目前只接触过两组间(1个对照组、1个实验组...

文章 GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 3分2区蛋白质组学文章怎么写?

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 GFF3格式说明

...的名称说明2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源(数据库名称或者项目名称)3. type - 序列元件的类型,例如:mRNA、CDS等等4. start - 序列元件在scaffold或者chromosome上的起始位置,从1开始计数5. end - 序列元件在scaffol...

问题 用samtools call出单个样本的rawvcf文件,合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点,而是在合并之后都变成了缺失,想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗,有什么办法?

...合并之后都变成了缺失,想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗,有什么办法能够在合并时区分相同和缺失以方便后续操作?

问题 老师,我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建,我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去,不用再建文件夹下载了,然后一步步做Rstudio的操作么,我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器?

是不是除了demo里的文件,其他的都要下载,或者替换为自己的品种,我看有的数据可能是加载环境。

问题 TCGA的甲基化矩阵,是否需要使用normalizeBetweenArrays标准化处理?

老师您好,我从数据库下载了TCGA的 Methylation 450芯片数据,已取得基因的甲基化矩阵。请问矩阵数据可以直接使用了,还是需要先进行芯片间标准化处理?

问题 tcga生存分析

...白为何能计算出值,但是不能绘图 老师,我发现我的数据原本是count数据,然后我对他进行log2,出现了0和不可计算的值,我对出现的#NAME,我全部替换成NA,然后我发现还有一些数据能计算那个cox计算,但是它们里面存在0值...