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问题 RNAseq转录组-基因差异表达分析

老师,请教您一个关于RNAseq数据分析的问题,如果我有1个对照组、3-5个实验组(每个实验组有两个重复),我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗?可以用什么方法呢? 我目前只接触过两组间(1个对照组、1个实验组...

问题 重复序列分析,去除含有基因序列的库文件时候报错,你们示例数据也有这样的问题

... 00000000 00000000 00000000AT 00000000 GC 00000000 明显你们的示例数据也计算错误。是不是脚本有问题

文章 GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 3分2区蛋白质组学文章怎么写?

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 GFF3格式说明

...的名称说明2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源(数据库名称或者项目名称)3. type - 序列元件的类型,例如:mRNA、CDS等等4. start - 序列元件在scaffold或者chromosome上的起始位置,从1开始计数5. end - 序列元件在scaffol...

问题 用samtools call出单个样本的rawvcf文件,合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点,而是在合并之后都变成了缺失,想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗,有什么办法?

...合并之后都变成了缺失,想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗,有什么办法能够在合并时区分相同和缺失以方便后续操作?

问题 老师,我在做hummer搜索时,输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm_out.txt --cut_tc ACTS.hmm proteins.fasta后,

...小于0.001,我这个出来的结果最小都3e-10,怎么设置能让筛选条件(E-value)变小,从而晒出更多 的基因?

问题 老师,我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建,我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去,不用再建文件夹下载了,然后一步步做Rstudio的操作么,我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器?

是不是除了demo里的文件,其他的都要下载,或者替换为自己的品种,我看有的数据可能是加载环境。

问题 TCGA的甲基化矩阵,是否需要使用normalizeBetweenArrays标准化处理?

老师您好,我从数据库下载了TCGA的 Methylation 450芯片数据,已取得基因的甲基化矩阵。请问矩阵数据可以直接使用了,还是需要先进行芯片间标准化处理?

问题 tcga生存分析

...白为何能计算出值,但是不能绘图 老师,我发现我的数据原本是count数据,然后我对他进行log2,出现了0和不可计算的值,我对出现的#NAME,我全部替换成NA,然后我发现还有一些数据能计算那个cox计算,但是它们里面存在0值...

问题 请问,在3个数据库中进行结构域确认时,为什么我出不来和老师一样的结果,是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改?

结构域确认用到的序列文件: 导入Interpro后我的结果: 老师的结果: 为什么不一样呢,没有出来结构域信息

文章 “疫情”黑天鹅,让企业管理数字化转型迫在眉睫

...的业务流程和逻辑整体统一起来,并且通过「中台」实现数据上的打通。 (2)用大数据思维代替经验思维 现在大数据的运用离我们越来越近了,成熟的互联网,以及国内足够规模的网民,在数据支持上已经能够给到非常科...

文章 rsync 介绍

...远程服务器之间同步文件和目录。它可以非常高效地传输数据,并支持多种复杂的同步场景。 以下是 "rsync" 的常用选项: "-a" 或 "--archive": 这是一个常用选项,用于以归档模式同步文件和目录。这意味着 rsync 将尝试尽可能地保...

问题 老师,您好,我下载下geo原始数据,经标准化处理后,基因的表达值显示为 964316794613767;9 这是什么意思,不是说过表达值经log处理基本上在0-几十的样子,怎么变成这样了?这两个数字代表什么意义?

问题 老师,您好,微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗,下载了公众号的文件,没找到scripts文件,这一步不知道怎么运行了