Rscript ../tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE12417 -o GSE12417-array --skip 27直接下载会报错，这里手动下载：#手动下载 matrixwget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL5...
...genome.pep.fa #蛋白质序列 说明： -in：建库序列 -dbtype：数据库类型 以蛋白质序列为例，运行结果： 2 . 比对 blastall -i Aphidoidea.fa -d genome.cds.fa -p blastn -e 1e-10 -b 5 -v 5 -m 8 -o yachong.blast 说明： -i：需要比对的文...
...indows下就能操作的，十分便捷的venn绘制方法： 一、输入数据准备： 首先要准备的是各比较组（比如CK1比上Treat1）的差异基因列表，一般公司做完的标准分析结果里已经包含这部分内容了，通常在“DEG_Analysis”文件夹里，我们...
请问https://www.omicsclass.com/article/872帖子里说的分离NR/NT数据库的脚本和所需文件，gi_taxid_nucl.dmp.gz和gi_taxid_prot.dmp.gz文件无法下载，提示没有这个文件，请问这两个文件现在变成什么了？现在数据库都更新了，请问还能用这个方法...
...有1000多样本，用课程里循环的方式太麻烦了，而且我的数据都不在一个文件夹，数据的命名规则也不一致，目前已经将样品名，双端数据都整理在一个list里了，有没有相关脚本来替换课程的循环脚本？ 课程里给的脚本里好多...
#! /usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # Fixing random state for reproducibility np.random.seed(19680801) plt.subplot(211) #绘制一个两行一列的图，并对第一个图进行绘制 # 参考链接https://www.jianshu.com/p/de223a7921...
需要token 使用说明：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/PDF/Data_Transfer_Tool_UG.pdf
...叶变换（FFT）来提高比对的速度和准确性，适用于大规模数据集的处理。MAFFT提供了多种比对策略，包括自动选择最适策略的选项，使其能够灵活应对不同的比对需求。 使用条件 MAFFT可以在Linux、MacOS和Windows操作系统上运行。...
...不是这样。 本文将介绍笔记本中的哪些部件会影响生物数据的处理速度，选购笔记本时应当注意的问题，有需要的同学赶紧收藏本文吧！ 两点说明： 1. 本文仅适用想买自用笔记本顺便兼顾下生信分析的同学，如有海量数据...
...最简单的入手（如下图），来教大家掌握绘图方法！ 数据准备 参考上图，绘制需要两项基本内容，其一是染色体信息文件（核型文件），主要目的是在图片上显示出染色体，并进行颜色等相关设置；其二是标签文字文件（文...
使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...
...ry(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据 query <- GDCquery(project = "TCGA-CHOL", data.category = "Copy Number Variation", data.type = "Copy Number Segment") GDCdownload(query, method...
下载的文件格式是.genome的格式