利用hummer搜索之后得到相应的序列，在构建进化树过程中，出现以下问题： （1）（2）如何删除序列差异较大的gap，若有，请给予详细的步骤
请问老师如何解决
...手机品牌的厂商，SoC基本不外卖。 联发科的基带性能也比较差，断流家常便饭，体验不行。 即使苹果已经如传言所说开始联发科研发自主基带，勉强能用也至少需要两年。之后即使再迭代三四次，也很难达到华为高通基带的...
想在tbtools中制作基因结构图，结果因为发育树中将基因ID改成WRKY1,WRKY2对应不上报错了，请问如何解决呢
...名。 grep --color=auto默认的颜色为红色，在黑色的背景上比较显眼。但是在其他背景颜色下，可能不太好看。这时就需要设置背景颜色。 使用grep --color=auto可以支持以下几种背景颜色： black,red,green,yellow,blue,magenta,cyan,white 设置...
...并将 GFF 转换为 BED 文件并重命名它们，同时根据BED文件调整CDS文件，保证最终BED文件和CDS文件中id一致。 #将gff压缩文件转换成bed格式python -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Sc.longest_isoform.gff3 -o Sc.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --t...
...长短，可将其细分为如下几类。 < 6 bp 微卫星DNA10-60 bp 小卫星DNA100-300 bp 卫星DNA 等。。。今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的在线网站，MISA（Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)） 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定，因为叶绿体...
...一步最后画图时，现如下问题： 我一共做了5个物种的比较，以下是我的文件内容截图： 我看主要是TAO和FN的基因在bed文件里找不到，，但是我在bed文件手动搜索报错的第一对：evm.model.chr0.498 evm.model.chr0.533 ONI03914 ONI03980是...
...54个酿酒酵母（Saccharomycotina）基因组中基因家族的大规模比较表明，基因的获得和丢失驱动着酵母的进化。进化速度越快的谱系丢失的基因越多，物种形成的速度也越快，这凸显了基因家族收缩的作用。 01 — 文章内容 1. 基...
老师，您好！我在绘制circose时出现以上的错误，请问如何解决？ 我用了软件自带的例子来测试程序是没有问题的，能够得到图，但我自己的报错了。
老师用你们基因组注释的镜像和脚本进行EGGNOG注释一直提示里面没有tidyverse这个R包，请问应该如何解决。
通过做blast比对之后，得到了蛋白质序列之后，通过cdd，pfam等确认完结构域，不知道如何接后面的分析
已经得到修剪后的序列，如何得到nwk格式得进化树得文件呢，我想通过下面得R语言脚本建树，因为得到基因数量只有五个不适合环状得树
老师您好，我的重测序数据是NCBI上下载的，数据质控的时候没有reads1和reads2之分， 因此代码总是报错，请问老师：网上下载的数据如何进行数据质控？
我在比较基因组中使用ParaAT进行多序列比对时命令如下：perl ../scripts/ParaAT/ParaAT.pl -h single_copy.txt.renamed -a all.pep.fasta -n all.cds.fasta -o aln_out -p $threads -format fasta -m muscle -verbose 但是产生的结果文件中，有3个基因的pep_aln是有序列...