...。 事实上，并不是这两个团队之间的协作帮助交付了更好的软件，而是“开发”和“运维”团队之间的统一导致了软件的改进，并以更快的速度交付。我们不要忘记DevOps工具在实现自动化方面所扮演的角色。 开发和运维...
....ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt，然后就中断，没有继续形成，染色体数目是设置了13. 第三个报...
...的是水稻的转录组。在整个分析的过程中，我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa）和基因组注释文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3），然后利用命令：gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3 -T -o Oryza_sativa.g...
在Windows中文件的换行符与linux中是不同的，其在linux中显示为^M，在使用脚本处理时并不希望有这个符号，所以需要去掉此符号，其方法如下： sed -i 's/^M//g' test.txt ^M 是回车换行符,输入方法是按住CTRL+v,松开v,按m
...isat2-build genome.fa genome.fa#双端read比对hisat2 --new-summary -p 10 -x genome.fa -1 1.fastq.gz -2 2.fastq.gz -S rnaseq.sam#单端read比对hisat2 --new-summary -p 10 -x genome.fa -U rnaseq.fastq.gz -S rnaseq.sam#排序并生成bam文件samtools sort -o rnaseq.bam rnaseq.s...
...量测序数据中筛选出目标数据？这是困扰大多数老师的一个难题！ 以转录组为例，想要挖掘数据，首先要看得懂数据，这是基础。 接下来小编以一个excel的简单函数为例，演示一下如何从表格中快速筛选感兴趣的基因等信息。...
使用stringtie merge -G参考注释，得到合并的gtf文件后，用这个gtf去算fpkm，结果里有的trans id 是MSTRG。有人说是参考注释有问题，我是在ensembl plant上下载的gtf文件，好像没什么问题。 还有请问lncRNA分析，注释文件的gene id和trans id是...
在文件中包含>字符的行尾添加-mRNA。 sed -i '/>/ s/$/-mRNA/' pep.fa 将文件中mRMA和；之间的字符删除。 sed 's/mRNA\(.*;\)/mRNA;/g' gene.gff >gene_new.gff
安装R包报错： * installing *source* package ‘later’ ... ** package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation Running configure script -latomic linker flag not needed. ** libs g++ -std=gnu++11 -I"/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/include...
1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？ GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前...
bedtools 软件可以统计每个窗口内SNP变异位点数量，具体命令如下： bedtools coverage -a window.bed -b raw.filtered.snp.vcf.gz -counts >result.txt 其中bed文件格式如下： 结果文件如下： 最后一列为每个窗口内SNP数量。
老师您好！在做变异组的时候有如下问题 命令：gatk --java-options -Xmx2g HaplotypeCaller -R genome.fasta -I test.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请...
...，在导入db这一步中，除了染色体，参考基因组还有contig7，contig53，contig164，这种怎么处理呢，-L 参数后面还需要跟contig吗？chr.list表格里还需要加上contig吗？ gatk --java-options "-Xmx400g" GenomicsDBImport \ -L chr.list --tmp-dir $tmpdir ...
...化关系，不仅直观地展现了物种的进化发育系统，还把每个基因的表达量信息也展现出来，是不是很漂亮！今天我就教大家绘制上面这个图，让你的图成为进化树中最靓的仔！ 1. 数据准备 （1） 拟南芥基因的氨基酸序列 (2...
计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！