问题 最近在学习RNAseq有参转录组数据自主分析，在学习基因表达差异分析这一环节时出现了如下问题，应该是脚本的问题，具体问题如下

出现上述问题后，回到脚本，发现样本名称不一样，于是改成了我自己的样本"Carambola_T01","Carambola_T02","Carambola_T03"，再运行，但是又产生新的问题，如下，然后就不知道如何修改了                                           ...

文章 关于基因家族课程中基因在染色体上位置提取不到问题分析

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error...

文章 宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

宏基因组的基因组binning（分箱，即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中）是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binning流程：BASALT及其具体使用方法 01 — ...

文章 linux行列互换

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 trinity的下载与安装

...ysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.8.5 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki 解压：tar -zxvf Trinity-v2.8.5.tar.gz cd trinityrnaseq-Trinity-v2.8.5 编译：make...

文章 密度图--ggplot2

... = element_rect(fill = "transparent",colour = NA))print(P_density) 两组数据直接叠加密度图 数据dat1 A =rep( c("A","B","C","D"),each=2)B = c(6.332968,9.368328,6.674348,4.127901,5.192845,6.652865,7.829350,6.995062)C = c(5.367671,7.286253,5.217053,3.875520,6.679444,6.127819,5.091166,7.942...

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

文章 生命大数据

...为”的精神，议程涵盖三大主题：Big Data for Life （生命大数据）、Cloud Computing for Omics（生物信息云计算）、Artificial Intelligence & Bio-Intelligence（人工智能与生物智能）。各大主题下又将有哪些不可错过的精彩演讲？会议的详细...

文章 使用evolview美化进化树

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...sights into demographic history and local adaptation·        基础数据:34只熊猫,4.7x覆盖深度 NC-牦牛群体进化-2015·        文章:Yak whole-genome resequencing reveals domestication signatures and prehistoric population expansions·        基础数据:13野生...

问题 老师，第二次搜索结构域我们提取的结构域序列与最终三大数据库确定基因后提取的最终基因的结构域序列不一样是不是意味着错误

问题 单细胞转录组分析实操课程Double Finder双细胞查找运行显示到43%killed，用咱们上一部得到demo中的.rds数据运行也是不行

文章 perl程序中shift的用法

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 2019年转录组文章该怎么写？

...物学重复，共9个样品进行转录组测序，共得到67.49Gb测序数据，相关性分析表明，三个生物学重复间相关性高重复好（见下图a）。 同时，由于是无参物种，所以需要进行转录本组装和unigene库构建，作者采用了两种组装模式：以...