...存分析 基于单因素的分析结果，进一步采用多因素的COX回归模型进行分析，最终分别筛选了3个分子构建了预后指数。 基于预后指数，参考中位数，可以将病人分成两组，分别是高风险组和低风险组。 针对两个分组，进一...
具体报错信息如下： NOTICE: Running with system command <coding_change.pl ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ....
请问一下，多序列比对之后的结果可以直接用于构树，不进行gap删除吗？因为我的序列比较多（几百条），用gblocks提取的保守序列很短，不到10bp，太短了构不了树。
...换之后，原来的设置中关于文字图层中文字位置需要进行调整，具体调整vjust和hjust即可。譬如： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","...
...调控机制仍迷雾重重。本研究整合转录组与代谢组技术，比较新鲜与衰老种子的基因表达和代谢物差异，进而深入理解水稻种子衰老的分子调控机制，为改善水稻种子的贮藏和保持其活力提供理论依据。 02 — 分析结果 01. 实...
...序列数据集对应的可以初始化得到100棵进化树，不知道是如何得到的。请问您知道可以如何获取吗？望不吝赐教。
...“细胞群”之间的互动关係。分析细胞通讯的工具很多，比较著名的有cellphonedb和CellChat ，CellChat相比其他软件，多了几个优点：(1)考虑多种subunits/ cofactors/ 聚合物等 (2)附带注释database并支持可视化结果图 (3)支持物种为人或者小...
...表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，...
...的可靠性。 2. 两个单倍型与“Scarlet Queen”基因组的比较 两个单倍型的比较：共鉴定得到584,486个SNP和1两个单倍型与SQ基因组的比较：把两个单倍型都比对到SQ基因组上，发现都存在很强的共线性。两个单倍型的共线性分别为...
...到差异表达基因之后，一般都需要看看一看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。 我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释，但其实不止...
...大文件表现为这样，许多基因ID聚集在一个文件里：多个小文件表现为这样，连通性等格式正确，但是没有基因ID（全显示为NA）： 文件仍是以模块颜色来分的，且都是edges的文件。 代码用的是课程里下载的无性状代码： 十分...
我想问一下，下载山羊基因组的时候，gff文件有两个一个Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz， 一个是Capra_hircus.ARS1.113.gff3.gz， 我想问一下这个两个有什么区别，我如果比对重测序数据的话，下载哪个比较好？
...可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式，并比较点多癌症研究中gene改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索，生存分析，基因改变间的相互独特性分...