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问题 在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，获得的fastq文件合并成一个文件

在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，如何将这些下载下来的多个fastq文件合并成一个文件，并且最后获得read_1和read_2文件

文章 Argument list too long报错

...路径 -name "*txt" -type f | xargs -I {} ln -s {} /目标目录路径 2.使用循环： 如果你不想使用 find 和 xargs，你可以在脚本中使用循环逐个创建链接。对于非常大量的文件，这可能效率较低，但可以确保不超过参数限制。 for file in /要链...

文章 linux 从文件中随机抽取部分数据

... 提取的结果保存在了test.xls文件中，部分结果如下： 2、利用sort -R 随机排序之后，借用head 或者tail 提取数据，也相当于随机抽取数据： head -1 ref_trans_full_table.xls|less>test.xlssort -R ref_trans_full_table.xls |head -10|less>>test...

问题 提取蛋白编号信息

...]" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');my%keep=();open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";while(<IN>){chomp;next if /^#/;my@tmp=split(/\s+/);$keep{"$tmp[1].1"}=1;}close(IN);while (my $seq = $in->next_seq() ){my($id,$sequence,$desc)=($...

文章 win7使用“远程桌面连接”连接到另一台计算机

https://support.microsoft.com/zh-cn/help/17463/windows-7-connect-to-another-computer-remote-desktop-connection 使用远程桌面连接，你可以从运行 Windows 的计算机连接到另一台运行 Windows 的计算机，条件是两台计算机连接到相同网络或连接到 Internet。例...

问题 对代谢数据的黄酮和酚酸与转录组进行WGCNA分析，如何准备文件？

...酸代谢物含量数据放一起，还是分别做黄酮和酚酸的 （2）基因数据，是用转录组所有的基因还是仅差异基因，还是黄酮和酚酸合成相关的基因呢？

文章 ggplot2中各种主题元素修改对应方法函数速查表

...clines as weight increases") p1p1 + theme(plot.title=element_text(size=rel(2))) 主题元素与对应的方法总结： 更多主题元素修改：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/theme.html

文章 Windows里MaxQuant下载与安装

...里     点击邮件里的链接即可下载软件压缩包.zip 2. 软件安装:     解压缩软件包即可操作MaxQuantGui.exe进行蛋白质搜库分析，运行软件需要配置对应版本的.NET Core SDK，如何下载.NET笔记：https://www.omicsclass.com/article/2243    ...

问题 单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错

...db --organism ssc  --idtype SYMBOL  >KEGG.deg.Enterocyte.AvsB_log.out 2>&1 &执行此代码报错，且已经参考RNAseq有参转录组数据自主分析分析中的方法，--ann.db org.Ss.eg.db 和--organism ssc均按照要求进行修改，依然报错，想知道问题出在哪...

问题 docker使用时没法连接虚拟机和自己的电脑硬盘

...。 再次打开docker后就能出现小鲸鱼，然后后面就出现图2的提示。然后就没有然后了。 我不知道我该怎么解决这个问题。

文章 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

...息，edges中制定了绘制的物种共线性关系，如图中e，0，2指定了绘制block文件中第一列和第三列物种的共线性关系 运行代码： python -m jcvi.graphics.synteny blocks bed layout.csv 效果图如下： 参考： https://blog.csdn.net/u012110870/article/de...

问题 询问vcf文件生成SNP表时一些问题

...那我在生成SNP表格的时候是按照那个不一样的表示吗？ 2.关于样本的命名：每一个前面都有sm的标号，这个文件里有188sm 90sm和9sm，老师请问不同sm标号是因为他们测序时分批测得吗？是不是可以理解为188sm命名得那一组属于一个...

问题 构建物种发育树，使用busco获取单拷贝基因出错

...贝基因，进行后续分析。 大部分的物种busco分析完毕，2个物种直接卡死在Augustus分析阶段，使用htop查询，也没有augustus进程在运行。想询问老师们，是否有遇到这样的问题，如何解决。同时是否有其他的软件可以搜寻。 同时...

问题 mirdeep2预测miRNA时-k的接头序列，如何是双端测序怎么办？

miRNA测序遇到两个问题： 1.mibase数据库小鼠的前提和成熟miRNA参考基因组怎么找？是直接查找下载里边的吗？搜小鼠的该怎么搜索 2.代码中-k 接头序列，如果是Illumina双端测序样本选择P5还是P7，或者是样本的R1R2分开测

问题 基因组重复序列注释使用的input.fa文件和注释后屏蔽的区域

...后再用liftOver将contig repeat GFF 转换成 genome repeat gff？ （2）为方便后续的基因组基因注释，repeat注释完后，是仅屏蔽基因组中TE区，还是屏蔽掉所有的repeat区域？谢谢！