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文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...相关性矩阵可视化的包有很多，小编最喜欢用的还是corrplot 这个包。 corrplot包非常容易使用，并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图参数。它还提供了p值和置信区间，以帮助用户确定相关...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...、国际领先的基因组科学数据中心。 2020年中心开发了8个全新数据库 (2019nCoVR，Aging Atlas，BrainBase，CGIR，GTDB，LncExpDB，scMethBank和TransCirc)，更新和丰富了多个核心数据库资源 (BioProject，BioSample，GSA，GWH，GVM，GEN和生物多样性资源...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...代码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'No such file or directory' E...

问题 请问大神们同一“目”（Order，分类学定义）下物种的基因组相似性大不大，想做比较基因组。

...上现存的生物依次分为：界、门、纲、目、科、属、种7个等级。其中，种是生物分类的基本单位。 需求：某一植物物种（感兴趣物种，以下简称物种“A”）未测序，并且该物种所属“科”（石蒜科）中也没有测序的物种，只...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。 3.提取全部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。 3.提取全部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分...

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...族文章，在该篇文章中，作者共鉴定了包括马铃薯在内6个物种(马铃薯、拟南芥、番茄、辣椒、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员，并通过转录组分析对5种重金属(Pb2+、Cu2+、Cd2+、Zn2+、Ni2+)作用下，马铃薯中NRAMP 基因家族成...

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

...； 第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容； 第二列 LENGTH : 序列的长度，单位为bp； 第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行； 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， ...

问题 BSA结果，只有一个SNP

请问，BSA结果分析之后，QTL和G-VALUE图都很好，但是区间内只有一个snp，去掉这个snp之后就没有峰值了，是为什么？ 需要跑一下indel么？

文章 进化树构建方法及原理

...择 ML，Maximum likelihood最大似然法NJ，Neighbor-Joining邻接法MP，Maximum parsimony最大简约法ME，Minimum Evolution最小进化法Bayesian贝叶斯推断UPGMA不常用 第一种:UPGMA法（非加权配对算术平均法） 前提条件：在进化过程中，每一代发生趋异...

问题 最新qiime2教程16S注释报错

我在运行到###alpha和beta多样性分析的时候 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \   --i-phylogeny $workdir/3.asv_taxonomy/rooted-tree.qza \   --i-table $workdir/3.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --p-sampling-depth 16900 \   --m-metadata-file $fastmap \   --output...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

作为一个科研工作者，在国际学术期刊上发表科研论文是与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家，实验做得很漂亮，但常常苦恼于论文的写作力不从心，成为国际交流的一大障碍。本文从博主的亲身体验出...

问题 使用allhic挂载染色体时，长度排序前十的超长contig只有一个挂载到group中，如何将这些未挂载的超长contig也绘制到heatmap图中

...是否有错误，用allhic进行了分析。得到的结果中，只有1个超长contig挂载到group中，其他超长contig并未挂载。 hic的数据质量不是太好，怎么能将其他超长contig也绘制到heatmap图中，看一下是组装错误还是挂载出错？ 谢谢！

问题 docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难

...件，在学习docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难，ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz ./，运行这个命令后报错。麻烦您能指导一下，谢谢...

问题 如果利用基因来批量提取一批基因的蛋白序列，结果提取的结构域文件中，发现并不是全部的基因都提取出了序列，那么怎么查找或者说获取这些没有提取到序列的基因是那些

我在利用以下脚本提取基因文件对应的蛋白序列的时候，提取后对这个蛋白文件进行结构域确认的时候，发现蛋白文件中只有328/392个序列，想获得哪些基因没有提取到序列，怎么找到这些基因呢？