用tiquxulie.pl时,出现报错: 提取的序列长度大于序列总长??

老师您好:

   我是根据视频学习到做顺势作用原件分析时出现问题:

我是做的甜樱桃HSP70基因家族,下面是我使用get_gene_weizhi.pl后得到的gene_weizhi.txt

attachments-2022-08-RqZhQSXw63049f7e9fc6f.png

如图所示,第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?

 

我继续使用tiquxulie.pl时,出现下图报错:

attachments-2022-08-OpLtKqtG63049faad6a8d.png

如图所示,我看我的问题是提取的序列长度大于序列总长??像这样的情况怎么解决呢?还能继续往下做吗??

 

下面是我的樱桃gff3文件截图:

attachments-2022-08-5QlFWdLK63049fb79c7f9.png

 

下面是我的樱桃dna.fa文件:

 attachments-2022-08-ZnfOUTOG63049fc3ebce7.png

综上,我的问题有2个:

1.       gene_weizhi.txt第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?

2.       继续使用tiquxulie.pl时,出现报错: 提取的序列长度大于序列总长??像这样的情况怎么解决呢?还能继续往下做吗??

 

实在很小白,谢谢老师解答!

 

 

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个提取序列脚本是提取基因上游的promoter序列吗?

如果是的话,有些基因位置位于序列的开头,或者结尾,导致promoter序列(比如1500bp)就没有足够的序列可以提取导致程序报错;

这个脚本比较老了,我们新课程已经更新了这个脚本; https://study.omicsclass.com/index 

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小夭

谢谢老师 我已经购买新课,在学习中。

这个脚本是之前的虚拟机课程里面的。

我还想问一下:gene_weizhi.txt第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?

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  • 小夭 提出于 2022-08-23 17:29

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