绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

ggplot2包绘制了展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

使用方法:

Rscript lnc_exp.r -h
usage: lnc_exp.r [-h] -i exp_data [-l legend.position] [-o outdir] [-p prefix]
                 [-H height] [-W width]

lnc_exp_Histogram:https://www.omicsclass.com/article/1552

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i exp_data, --exp_data exp_data
                        input data file path[required]
  -l legend.position, --legend.position legend.position
                        Sets the location of the
                        legend[none,left,right,bottom,top,or two-element
                        numeric vector][optional,default top]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory[optional,default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix[optional,default lncRNA]
  -H height, --height height
                        the height of the heat map[optional,default 5]
  -W width, --width width
                        the width of the heat map[optional,default 5]


参数说明:

-i 输入基因表达矩阵文件,建议输入标准化过后的表达数据

#ID
S0-1
S0-2
S0-3
S12-1
S12-2
S12-3
T0-1
T0-2
XLOC_000173
0.249352
0.1533
0.499899
0.258562
0.174361
0.659209
0.647131
0.705749
XLOC_000195
0.0500286
0.029918
0
0.0674263
0
00.0682668
0.0121699
XLOC_000196
0.458015
0.938447
0.72592
0.28384
0.271833
0.316445
0.742948
0.744104


-l 指定图例的位置,可以设置成none,left,right,bottom,top,or two-element numeric vector



使用举例:

Rscript lnc_exp.r -i All_lnc_gene_fpkm.tsv -l top -p lnc_exp_Histogram



结果展示:

attachments-2021-09-HbHom4iT61445aad97aa0.png

  • 发表于 2021-09-17 17:08
  • 阅读 ( 2643 )
  • 分类:R

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