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问题 老师您好，我想问下如何用hmmsearch在数据库中搜索同时具有两个结构域的所有蛋白质

某一个蛋白同时具有结构域A，结构域B，这个蛋白具有重要的生理功能，那么能用hmmsearch搜索同时兼具这两个结构域的所有蛋白质吗，我尝试了用hmmsearch分别搜索具有结构域A的蛋白质和具有结构域B的蛋白质，然后对得到的文件...

文章 在线绘制聚类热图（heatmapper）

...类文章中常见的一种分析内容。今天小编就给大家讲解一个在线绘制聚类热图的方法。 我们使用的在线工具网址： http://www.heatmapper.ca/expression/ 打开后的页面是如下所示： 该在线工具有几个优点： 1、支持不同的颜色配置...

文章 CentOS 7 yum安装报错

...用yum安装命令时报错： #yum -y install nfs-utils rpcbindLoaded plugins: fastestmirror, langpacksLoading mirror speeds from cached hostfileCould not retrieve mirrorlist http://mirrorlist.centos.org/?release=7&arch=x86_64&repo=extras&infra=stock error was14: curl#6 - "Could not re...

文章 网站 SSL证书到期更新

1.视频点播SSL证书到期：https://help.aliyun.com/document_detail/86093.html    （1）先申请免费的SSL：选择手动DNS验证 ：https://yundun.console.aliyun.com/?spm=5176.12818093.top-nav.3.4cae16d0k120w3&p=cas#/certExtend （2）按要求到易名中国验证   （3）证...

问题 请教老师，Gemma分析时的报错问题？

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

文章 RNA分类

...是真核生物细胞核内的一种小RNA，长度约为100-300 nt，每个细胞中大约有10万到100万个分子。snRNA通常与蛋白质结合，形成snRNP（小核核糖核蛋白颗粒，small nuclear ribonucleoprotein particle），构成RNA剪接体（spliceosome）的主要成分，参...

问题 老师，我绘制柱状图的时候，设置了填充默认彩虹色，为什么您课堂上的是偏红彩虹色（右），而我的却是偏蓝的彩虹渐变色（左）呢？谢谢老师啦，嘿嘿。

p_bar=p_bar=ggplot(dat1,aes(x=dat1[,1],y=dat1[,2],fill=dat1[,1]))+         geom_bar(stat="identity",position ="dodge",width = 0.8) p_bar

问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下： 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错，文件如下： 只有mRNA ID，没有gene ID，请问是怎么回事？是不是要对gff文件修改，怎么修改？

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

使用方法: Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -h usage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata -g group [-a additive [additive ...]] ...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

Table S1. Example of R script that was used to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2...

文章 肾病最新研究进展：通过生物标志物检测进行早期预测和干预

...肾脏疾病，位居全球首位。 自2006年起，每年3月份的第2个星期四被定为“世界肾病日”(World Kidney Day)。 肾病 ——当代年轻人的“沉默杀手” 年初有一篇题为《我，程序员，27岁，高血压及慢性肾病》的文章爆火，引起了广泛...

问题 求助，在docker里下载镜像时报错Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": nettp: TLS handshake timeout

昨晚下载过一次镜像，当时还没有报错，但是下载了五六个小时还没好，就把电脑关机了，今天打开docker再下载镜像时就报错了

文章 GSDS绘图编辑器导出矢量图

大家都知道GSDS自带了一个绘图编辑软件（下图红框），使用这个软件可以对我们图片不满意的地方进行修改。 但是这个软件有个问题，是它不能导出矢量图。 选择导出PDF格式后，就一直让等待，就像下面这样，一直也加载...

文章 group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

...框时： #创建示例数据df <- data.frame(  group = c("A", "A", "B", "B","C","C"),  value = c(1, 0, 1, 1, 0, 0)) 如果我们想要判断每个分组中是否存在元素&gt;0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

...做？ 例如以下面paper中的图为例 实验设计是：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时...