问题 GSDS网址定位问题

用gene_exon_info文件去GSDS网址定位的时候图片下面竟然不是CDS，显示的是exon，可是我文件了明明是cds。我用老师给的范例跑了下，是CDS 。但是ene_exon_info文件的数据来源有些奇怪。详细见 https://www.omicsclass.com/question/2699  最后一张...

问题 16S多样性分析docker镜像发布及使用中，合并fasta文件，并加序列号部分的命令中，rename_fa_id.pl显示没有此命令，请问老师是怎么回事？

qiime1分析pick otu 聚类，16S多样性分析docker镜像发布及使用中，合并fasta文件，并加序列号部分的命令中，rename_fa_id.pl显示没有此命令，请问老师是怎么回事？

问题 基因家族课堂中circos美化图片课程中，有一个colline_v2.pl，请问下这个脚本在哪？我从第一节课看到后面都没找到。

问题 请问老师，用比对后的bam文件进行call snp，bam文件中储存了比对的信息。假如样本mapping rate 值比较低在70左右，那么后续call snp的时候，需要把没有比对到基因组的reads提取出来过滤掉吗？还是说生成的bam文件储存的就是比对到基因组的这些序列？

如果不进行过滤，一些污染的没有比对到基因组的那些片段，会不会造成snp的假阳性，有可能不是我们目标物种的snp? 样品污染可能导致重测序mapping rate 值较低的话，这种数据还可以进行gwas分析吗？发文编辑会不会质疑数据的...

问题 为什么我按照其他文献中确定的基因下载下来的基因家族，把这些在序列比对，没有他文章中比对的那么整齐呢，都是相同的基因ID,比对方法也一样，我构建进化树的时候，是按照其他文献中确定的基因直接下载下来和我研究的一块构建吗，还是另有其他的方法

问题 在perl中怎么遍历哈希

有一个fasta格式的文件，怎么创建一个id和序列对应的哈希，并对哈希进行遍历，结果输入到一个文件中

文章 转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

...检测可变剪切事件的常用软件之一，其可以从RNA测序数据中，检测出多种类型的可变剪切事件，并提供了定量和组间差异分析的功能，可对生物学重复的样本进行组间分析。rMATS可识别的可变剪切事件有5种： Skipped exon (SE)：外...

问题 群体重测序, 进化树中如何添加外群?

老师您好, 我的项目中对植物群体进行重测序之后, 得到的snp进行进化树的构建, 但是由于没有外群, 无法确定根的位置, 如何在进化树中添加拟南芥作为外群呢? 麻烦老师给指个方向, 非常感谢!

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

...报错； "/share/work/biosoft/tophat/tophat-2.1.1/bin/tophat2" -G Sspon.v20180123.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/known Sspon.HiC_chr_asm [2019-04-28 05:49:42] Building transcriptome files with TopHat v2.1.1-----------------------------------------------[2019-04-28 05:49:42] Checking...

文章 monocle2 monocle2 igraph 报错

...monocle:::project2MST(cds, project_point_to_line_segment) 3. │ ├─V(dp_mst)[suppressWarnings(nei(closest_vertex_names[i], mode = "all"))] 4. │ └─igraph:::`[.igraph.vs`(...) 5. │ └─base::lapply(args, rlang::eval_tidy, data = data_mask) 6. │ └─rlang (local) FUN...

问题 老师们好，我想用kaks分析蛋白编码区，然后呢师兄告诉我，让我用mafft对蛋白编码区进行比对，然后用phyloSuite转换序列格式，最后我把每个cds都放到了一个里面，进行计算，但是总是报错，说序列不相等，不知道怎么解决，求问各位大佬，有没有相关视频，可以告诉我这个小白怎么在linux系统里运行kaks吖，万分感谢

问题 基因家族物种间共线性，老师，为什么我的物种间共线性分析总是报错，我检查了文件格式他还是报错。 我用这个物种的文件vs这个物种的文件就可以得到结果，两个不同的就没有结果，文件应该没有问题。这是为什么呀老师？（下面的图片也是同一个物种，但是不是同一个网站的数据）

问题 分化时间计算中的r值

老师，你好，请问计算中的r值是但双子叶不同，还是每个物种都不一样？？谢谢

文章 微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

广受好评的微生物扩增子分析课程已经更新v2.0，主要更新内容如下： 使用最流行的工具qiime2分析扩增子数据使用主流的基于降噪的方法生成feature-table，同时也兼容基于聚类的方法生成OTU table（内存限制）物种分类注释数据库...

文章 免疫共沉淀CoIP实验过程步骤详解，so easy !!

...Triton X-100)，不能用高浓度的去垢剂(0.2%SDS)，细胞裂解液中要加各种酶抑制剂，通常Leupeptin和Aprotinin这两种即可，若蛋白较大，可加胰蛋白酶抑制剂(PMSF)，若涉及到磷酸化信号转导，要加磷酸化抑制剂(如Na3VO4)。同时全程冰上操作...