问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

问题 重测序BWA比对率低

老师您好，请问做BWA比对时与参考基因组的比对率很低，已经确定过与参考基因组为同一物种，是因为污染太严重吗，这样会对后续分析有影响吗？ 38280780 + 0 primary 616640 + 0 secondary 0 + 0 supplementary 4716288 + 0 duplicates 4716288 + 0 pr...

问题 老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

问题 用bwa 进行比对时，用的是重测序的去了接头的clean data 吧，只需要参考基因组的全基因序列吧，不需要gff注释 文件之类的吧！

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

...e index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt，然后就中断，没有继...

问题 老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

...和文件路径都省略了： #!/bin/bash conda activate mapping ls ${bwadir}/*.sorted.dedup.bam | while read id do   name=${id##*/}   name=${name%%.*}   #1.比对率分析   $samtools flagstat ${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam > ${bwa_qcdir}/${name}.map.stat.txt   #2.片段inner ...

问题 关于annover建库问题

...ne. Elapsed time: 0.04 minutes. Runtime.totalMemory()=536870912 RNN CMD: bwa index pearref.fa [bwa_index] Pack FASTA... 4.67 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence... [BWTIncCreate] textLength=1001242816, availableWord=82451092 [BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 100...

问题 重测序比对

老师好，想问下用华大平台测的二代数据，用bwa mem比对到参考基因组上时，-R参数里的tPL后面该写什么？

问题 docker后台如何运行命令

在使用docker镜像的时候，有的命令必须长时间运行，比如bwa比对，如何挂载在后台运行，就是那种退出服务器，命令还能运行。

问题 command not found

将组学大讲堂的镜像压缩包转成SIF，运行后报错;在组学大讲堂的rnaseq v2.0中运用，同样找不到bwa，请问老师卧室哪里出错了吗？

问题 是没有gene-family了嘛

...                           STARS     OFFICIAL omicsclass/bwa                        BWA v0.7.17 build by omicsclass                  0 omicsclass/samtools                   samtools v1.10 build by omicsclass               3 omicsclass/isoseq3...

问题 测序数据比对

...中相比没有.gz后缀是否有区别？ 2.利用cleandata可以直接bwa比对吗，不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120个样本，所以数据是120个文件夹名为（W1A-W120A），每个文件夹里面包含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图)，读取这一段循环...

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

...行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对正常，但是输出给samtools就有问题。报错如下图：