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文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

做转录组调控研究可用的技术手段逐渐增多，各种数据的联合分析变得越来越重要。转录调控家族在CNS上也不再总是mRNA、LncRNA这些老面孔，近年来circRNAs可谓是风生水起，大家一起来看看这个circRNAs到底是何方神圣吧？说不定可...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

基因组比对是将两个或多个基因组的序列进行比较，以寻找它们之间的相似性和差异性。这种比对可以揭示基因组之间的演化关系、结构变化、共同的基因或 序列以及可能的功能元素。基因组比对是生物信息学中非常重要的任...

文章 遗传进化英文方法参考

Library preparation and Illumina sequencing Genomic DNA from each sample was prepared for libraries construction. The library preparations were sequenced by using an Illumina HiSeqX platform and 150bp paired-end reads were generated. Data filtering and alignment The recently released genome...

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析。外显子组包含约1%的基因组（约30MB），却包含约85%致病突变，与个体表型相关的大部分功能性变异也都集中在染色体的外显子区。能够...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

众所周知微生物多样性分析用到的软件众多，对于初学者而言安装软件是一件非常麻烦的事情，这里我们组学大讲堂发布了专门用于微生物扩增子分析docker镜像，里面内置了几乎所有要用到的关于多样性分析的相关软件，方便大...

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

1.docker虚拟化技术介绍： Docker的思想来自于集装箱，集装箱解决了什么问题？在一艘大船上，可以把货物规整的摆放起来。并且各种各样的货物被集装箱标准化了，集装箱和集装箱之间不会互相影响。那么我就不需要专门运送...

文章 Minimap2安装与使用

minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，而且用法简单，比对结果比较不错，可谓是三...

文章 全面解读第四代基因测序技术

本文章由“基因谷”授权转载 纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳...