随着技术的发展，可以用来提高基因组组装效果的手段也越来越多了。
目前的主流是测80-100×的三代作为基因组组装的主要数据来源，三代测序的读长远超二代，可以降低组装难度，跨过部分GC异常区域，大大提升组装质量，随着三代测序价格的快速下跌，已成为做基因组的首选技术。
Hic是研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，直白的说就是能够辅助scaffold挂载至染色体水平，免去构建遗传图谱的麻烦。
而光学图谱则是利用单个DNA分子基因组限制性内切酶图谱快速生成高分辨率、有序的全基因组限制性内切酶图谱的方法，作用就是可以大大提升scaffold的组装水平。
经费允许的话，当然选择这些技术都用上，都会大大提升基因组的组织质量。