10 重测序寻找T-DNA插入问题

大家好,我对一个显性T-DNA插入突变体进行重测序,和水稻基因组对比之后会有一些未对比上的序列。 然后我以35S为参考序列,把这些未比对上的序列和35S进行比对,得到的结果都是和35S完全吻合。


请问各位,bowtie2或者tophat2是否有参数,调整容错率,能够分离出来一半是35S,一半是水稻基因组的序列呢?


先谢过各位



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最佳答案 2019-02-18 14:00

外源插入可以参考这个查找:https://www.omicsclass.com/article/52

重测序数据比对一般用bwa;

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