vcf文件中染色体名字更换 - 组学大讲堂问答社区

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老师您好，我所得到的VCF变异文件中染色体名字有点复杂（如图），我想统一更换为chr格式，请问有什么好的解决办法吗？

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1 个回答

生信老顽童 2022-11-18 15:15

这个ID不是替换的问题，染色体是通过挂载得到的。你这个基因组组装的就没有到染色体，应该就是contig水平的基因组，就无法替换成染色体。除非你测个HIC或者做个光学，然后自己挂载一下染色体。