基因组数据版本更新导致无法根据旧的蛋白ID或基因locus提取相应序列，如何解决？

老师您好，我在基因家族鉴定时，

在blastp这一步，想下载前人鉴定出的其他物种中的该蛋白进行blastp，

由于文献是2015年的，

根据文献补充数据给出的蛋白ID和locus号（下图左），已经无法匹配现有的蛋白序列文件（下图右）了，老版本蛋白序列文件已经删除，只剩cds和gff文件。

新版本的基因和蛋白ID命名与老版本相比已有较大改动，感觉联系不是很大。（基因组网站是文献给出的）

s?func=mbox:getComposeData&sid=DAEmItDDxDKJtnoHdIDDZQFPXnewvFwi&composeId=1539506973560&attachId=1

请问在这种情况下，我还有什么方法获得2015年文献中鉴定蛋白的序列吗？还是放弃这个物种，直接用拟南芥和水稻进行blastp就可以啦？

希望老师不吝赐教，万分感谢！

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2 个回答

小鹿kity 2018-10-14 17:03

刚想到网页里会不会可以直接search，发现用老的ID号也能检索到蛋白序列，只不过只能一个一个检索，不能批量。。。不过总算还是有方法，打扰啦！

omicsgene - 生物信息 2018-10-14 19:10

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没有看到图片；

以前的基因，你最好找到以前版本的基因组对应的版本下载下来；然后再找到相应的基因序列；

自己去对应比较麻烦；