GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

我的GFF文件是这样的:

运行perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的:

请问怎么处理啊,老师?


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2 个回答

zhyx6511

gff文件:

得到的文件:


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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

GFF文件不标准,没有gene位置信息,只有mRNA位置信息所有会出错:

参考解决办法:https://www.omicsclass.com/article/816

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