请问HMM搜索,对于无蛋白文件的基因组,可以对实验室自有的转录组序列或数据做筛选吗?

老师您好!

我在使用HMM模型搜索目标蛋白时,遇到一点问题。我所做的植物是无花果,目前只有基因组序列文件,还没有蛋白序列、CDS序列文件。

实验室有转录组的数据,请问我是否可以基于转录组数据,来找目标基因呢?HMM模型可以对核酸序列做筛选吗?

谢谢老师!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

hmmer一般搜索蛋白的结构域,你只要有蛋白序列就可以搜索使用;

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