老师你好!有关MCscan的使用

老师我学习了视频,基本会操作了 ,现在就是有一个问题,视频里你用的MCscan做的时候用的是一个物种做的 我最近看了文章 有的是两个物种做的图。。。

视频里老师是拟南芥一个物种的蛋白序列建库blast,我想问的是我现在两个物种怎么做?要放到一做吗?还是分别blast后mcscan后,吧文件汇总到一起再绘图吗?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

mcscanX也可以做比较基因组分析见:https://www.omicsclass.com/article/275

或者用python版本的mcscan:https://www.omicsclass.com/article/284

我们基因家族课程里面都有讲解:attachments-2020-04-Hd0kVqGg5ea27744749fe.png

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