老师好,有关blastall参数的问题!

老师您好,目前本人再做MCscan共线性分析,目前根据视频吧图做了出来,但是线条数量比较少,在之前除了建立索引就剩下这条命令了。因此想了解一下会不会这条语句blastall -i fuck.fa -d fuck.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o fuck.blast影响了结果。请老师解答一下这个问题,不胜感激!!!attachments-2020-04-8uLFnrNj5e9d3b546ec00.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这条命令运行的时间比较久,确保他是正常运行完成并退出,而不是中途断掉了;

blastall -i fuck.fa -d fuck.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o fuck.blast

如果都没有错误的话,应该是没问题的;

如果实在觉得天少,可以把blast -e 调大一下,比如 1e-5  

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