基因序列提取失败

老师，您好，

我在用脚本提取基因序列的时候遇见一个问题，

所有命令是：perl script/tiquxulie.pl Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta gene_weizhi.txt gene_weizhi.fa

结果出现提示：Substitution loop at /usr/share/perl5/Bio/SeqIO/fasta.pm line 142, <GEN0> chunk 1

打开gene_weizhi.fa，发现没有提取出来

请看图片:

命令行:

提取的序列:

默认排序时间排序

3 个回答

Today 2021-01-22 16:15

亲，这个问题解决了吗？我也遇到了这个问题，应该是单条序列太长了，但不知道怎么解决。

lord of king - 老师 2019-08-22 22:49

非常感谢老师的解答！我查看了一下，里面有Chr1，不知道什么原因，敬请老师解答一下。非常感谢

omicsgene - 生物信息 2019-08-04 12:38

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看一下这个gene_weizhi.txt 文件的第一列染色体是否存在于这个文件中：Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta

如果不存在肯定提取失败。