snp-index算法具体是怎么算的

BSA实验的snp-index具体是怎么计算的呢?

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1 个回答

omics007

计算方法简述如下:

Maa 表示 aa 群体来源于 M 的深度;Paa 表示 aa 群体来源于父本的深度;

Mab 表示 ab 群体来源于 M 的深度;Pab 表示 ab 群体来源于父本的深度;

SNP-index(ab)=Mab/(Pab+Mab)SNP-index(aa)=Maa/(Paa+Maa)

Δ(SNP-index)=SNP-index(aa)-SNP-index(ab)

通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,通过对在同一条染色体上的SNP标记的Δ(SNP_index)进行LOESS回归拟合,获得关联的阈值,选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域。得到关联区域以后,通过注释信息找到备选的突变基因。

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