鹅子
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18 个回答

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wgcna得到模块后如何根据目的基因有关的tom值排序筛选候选基因呢

根据计算的TOM值自己排下序就可以了

回答于 2019-08-07 16:55

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有关多个基因的聚类分析

3基因按照固定的顺序拼接后,用MGEA不行吗?

回答于 2018-12-11 10:05

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WGCNA分析中,模块与性状的显著性关系图和后面模块成员关系与基...

无图无真相,得有图片或者数据才能说明问题啊

回答于 2018-09-26 14:32

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数据格式发生变化

应该是文件名称的问题,样品名之间是用了空格分开的吧?你检查一下 1、修改样品名 2、或修改读取代码 read.table(sep="\t") 添加一个分隔参数

回答于 2018-09-19 11:43

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请问wgcna怎么获得模块hub基因与该性状数据的相关性

应该是模块内所有点和hub对应的 Ki 以及这些点和性状的GS 吧,如此才可能能构成两列的二维数据,从而在图上构成散点图???没仔细看论文,猜测是这样的 GS vs kin

回答于 2018-09-19 11:08

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请问,有些文献中,给出的KME值,在WGCNA教程中,生成的"10_GS_a...

课程中并未涉及这部分内容,KME的计算过程可以参考文章:https://www.omicsclass.com/article/381 

回答于 2018-09-14 09:21

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WGCNA分析,计算了软阈值,为什么powerEstimate没有提供估计值?

1、先认R2 2、就你的数据 计算power值已经到32,数据经过32次幂对应的网络会使得连通性很小,这样得到的网络很难得到hub基因 3、总的而言,对应的数据并不是很适合进行分析,即使分析获得结果可靠性也不高

回答于 2018-09-12 18:13

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WGCNA分析,官网给出的代码中两次计算了dissTOM,两次代码不一样...

1、如果不确定可以通过查看二者的结果是否有明显的差别 2、第一个代码是分步,选定power后: datExp---adjaceny--TOM--dissTOM过程,第二个是直接由选定power:datExp——dissTOM 理论上一个分步,一个一步,涉及的背景理论和算法应该一致,具体通过结果查看是否存在明显区别即可。

回答于 2018-09-12 11:36

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老师您好,我在用conet对自己数据分析时,总是报错。

附件上传一下原始数据吧,这样才能看出来错误

回答于 2018-09-07 15:58

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WGCNA分析中,β值未达到0.8,计算机给出的β估计值为1,我觉得不...

可以的,这种估计结果有的时候回明显不对,譬如1的情况,可以按照需求自己判断取一个相近的R2值对应的beta去进行下一步计算

回答于 2018-09-06 18:07