WGCNA分析,官网给出的代码中两次计算了dissTOM,两次代码不一样,结果会不会也不一样?

attachments-2018-09-ORFZlQ2w5b97bf29d12e5.jpgattachments-2018-09-kv9dJx4b5b97bf310dbfa.jpg我查了TOMsimilarity和TomsimilarityFromExpr两个函数,似乎是不同的。这个如何解释?

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2 个回答

microRNA

稍微有点差别,影响不是很大
1. 你也可以直接采用前面的结果,不用重新计算。

2. 需要说明的是,如果采用重新计算的话,power 值需要改成 前面优化的power值 ,而不是默认的6 .

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鹅子

1、如果不确定可以通过查看二者的结果是否有明显的差别

2、第一个代码是分步,选定power后: datExp---adjaceny--TOM--dissTOM过程,第二个是直接由选定power:datExp——dissTOM

理论上一个分步,一个一步,涉及的背景理论和算法应该一致,具体通过结果查看是否存在明显区别即可。

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  • kuku93 提出于 2018-09-11 21:14

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