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老师，这是我做提取可靠基因家族成员的结构域序列用到的文件和代...
一步一步结果检查：先看${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt 文件内容是否正确
回答于 2025-06-13 10:46
老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且...
不太清楚你说有错误的文件是做哪步分析得到的结果文件有错误。你是基因家族成员鉴定之后提取domain序列的时候出现问题的吗？是运行那行代码有问题的？可以把运行的代码和代码用到的文件截图出来。
回答于 2025-06-12 09:23
蛋白3D结构预测
psi-blast有的蛋白序列没有结果可以修改参数重新运行，或者用swiss-model找模板预测结构。 有时候网络问题运行py脚本得不到模板文件，可以直接去pdb数据库下载对应模板
回答于 2025-06-11 09:19
cytoscape没有layout
课程里面有如何安装Cytoscape插件的内容。找到cytoscape的“App Store” 搜索“ yFiles Layout Algorithms”。点击插件链接进入网页“install”即可
回答于 2025-06-10 09:31
circos绘图
如果有基因对信息的话，最好还是绘制出来。 关于scaffold序列长度信息，通过代码“ ## 获得染色体长度 seqkit fx2tab --length --name ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz|awk '{print $1,$NF}' >genome.len ” 是可以得到的，如果scaffold序列是在Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna...
回答于 2025-06-05 16:53
为挂载到染色体上的基因家族成员能否绘制基因在染色体上的定位图...
这个基因没有在染色体上的位置信息，只有在scaffold上有位置信息。如果想展示这个基因的话，只能将该scaffold也跟染色体一样去准备长度信息。在结果图中，将scaffold及在scaffold上的基因信息绘制出来。
回答于 2025-06-03 16:10
RNA-SEQ分析中，基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0
正确的测序应该是有比对结果的。先根据流程看上一步生成的结果有没有问题，运行脚本时看有没有报错日志。看看map结果中每个样本的比对率（*summary文件）是否正常，正常结果中有90%以上的reads会比对到基因上
回答于 2025-06-03 11:43