omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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问一下老师做基因家族分析用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC...

运行的过程应该没错，看一下你的自行建立的newap2.hmm文件，是不是有问题。是蛋白质序列建立的吗？

回答于 2018-12-20 14:40

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perl脚本吗，这样需要perl语言基础，说起来就复杂了；从生物的角度解释一下，脚本会读取基因在基因组上的位置信息，然后根据位置信息在基因组上截取基因上游1500bp的序列；更多生物信息perl语言学习视频课程：《perl入门》《perl高级编程》

回答于 2018-12-20 14:34

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数据文件左上角必须为NAME，看看这个：https://www.omicsclass.com/question/434

回答于 2018-12-20 09:53

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目录名字最好不要有空格，换个目录导入：看看这个：https://www.omicsclass.com/article/426

回答于 2018-12-20 09:50

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那你的GFF不对，下载错了吧。

回答于 2018-12-20 09:48

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你问问题需要详细说明，不要假设别人能猜出你的问题，换位思考一下。

回答于 2018-12-19 15:40

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染色体位置用基因组DNA。建议学习一下这个视频：https://www.omicsclass.com/video/16

回答于 2018-12-19 15:38

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看你读取的是棉花的，基因组太大，内存不够提取不成功；你分染色体提取；

回答于 2018-12-19 15:36

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输入的text 标签文件有重复值，你删除一下就可以。

回答于 2018-12-19 13:14

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请完善提问信息，输入文件截图展示，用到的代码粘贴一下等等，我这才好给你分析哪里出来问题；不然我只能猜测你的输入的基因ID和gff里面的ID么有对应，所以提取不出来；

回答于 2018-12-19 11:59