看一下这个gene_weizhi.txt 文件的第一列染色体 是否存在于这个文件中:Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta 如果不存在肯定提取失败。
回答于 2019-08-04 12:38
这里有计算的详细方法可以参考:https://www.omicsclass.com/article/446 一般用非配对的;也有配对的,看你的实验怎么设计了;
回答于 2019-08-02 09:58
检查一下文件路径都对不,再看看文件内容 各种id是否一致,还有注意editplus设置UTF-8再编辑文件,避免linux和windows文件格式不兼容;https://www.omicsclass.com/article/395
回答于 2019-08-02 09:55
检查一下文件路径都对不,再看看文件内容 各种id是否一致,还有注意editplus设置UTF-8再编辑文件,避免linux和windows文件格式不兼容;https://www.omicsclass.com/article/395
回答于 2019-08-02 09:53
上面的代码,筛选出来了特定组织的样品barcode信息,存储在sample_download变量中,你需要重新获得query变量,添加barcode选项如下,然后才是是筛选后的结果,然后继续下载才是: query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = data_ty...
回答于 2019-07-31 11:51
自己编写程序批量提取,例如perl,python语言编写; 推荐学习: perl入门到精通、perl语言高级
回答于 2019-07-31 10:32
试试用这个代码安装: install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 安装过程如下,这里有几个依赖包,dependencies ‘graph’, ‘RBGL’, ‘reshape’ are not available 报错,单独安装一下。再安装这个Vennerable包就好了 Type 'q()' to quit R.> local({r <- getOption("repos") + r["...
回答于 2019-07-31 10:16
layout文件最后不要有多余的空行,看看这个:https://www.omicsclass.com/article/571
回答于 2019-07-30 08:54