omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师，您好！我按照《基因家族分析》课程安装linux，结果报错，...

可能是缺少系统补丁，参考这个：https://www.omicsclass.com/question/917 建议换个操作系统

回答于 2019-12-05 09:48

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需要检查以下情况： 1.所有输入文件路径是否正确 2.输入文件内容查看一下，看看是否有染色体ID，基因ID在各文件之间要统一。

回答于 2019-12-05 09:46

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不同的软件算法不一样，以最长的为准。认真的话，应该把周围的序列截下来看看是不是真的是完整的结构域，有时候基因变化大，所以有出入，需要人工复核；

回答于 2019-12-05 09:44

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你检查一下那个domain 是不是真的短，可以延长一下截取区间看看序列是不是完整的结构域；或者确认有问题直接删除这个基因；

回答于 2019-12-05 09:43

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你需要做COG注释，然后整理相应的表格数据才可以添加到图上面：https://www.omicsclass.com/article/552

回答于 2019-12-05 09:41

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怀疑GTF格式有问题：检查你的GTF与课程里面的GTF格式上有啥区别，对应修改一下；

回答于 2019-12-03 16:08

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可以观看我们的视频课程，里面有详细介绍：WGCNA-加权基因共表达网络分析

回答于 2019-12-03 10:21

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高通量转录组里面做差异分析，用edgeR 或者DEseq2等R包分析后，自动就有了fold change 值，不需要自己去计算。

回答于 2019-12-03 10:18

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可以采用新的配置文件，将基因显示在外圈，见：https://www.omicsclass.com/article/644

回答于 2019-12-03 10:04

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你的mRNA有些没有Parent 信息，所以脚本不知道你的mRNA来自于哪个gene，因此报错，你把你GFF文件都看看整理好；

回答于 2019-12-03 10:01