omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
14320金币数
80980 经验值
444个粉丝
主页被访问 86452 次

4091 个回答

0 赞同

怎么在hmmsearch的XXX.out结果里,截取基因ID,L最后再提取序列...

可以写一个perl脚本完成: 课程里面有的:学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2020-04-16 17:27

0 赞同

老师,您好,最近做的bHLH转录因子的文章,我做序列比对的时候需...

可以使用hmmersearch 批量鉴定哪些基因为bHLH 转录因子;至于这这个基因的特点 你需要阅读相关文献了解一下; 想分析基因家族可以学习课程:学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2020-04-16 17:26

0 赞同

NCBI的数据库更新了,两份数据文件用哪个?

一个是CDS,一个文件是翻译后得蛋白序列文件吧,你下载下来用notepad++打开看看; 里面得README多看看

回答于 2020-04-15 13:12

0 赞同

关于KAKS的方法选择以及密码子选择

得查查原因吧,是序列差异太大计算不了,还是序列有问题

回答于 2020-04-15 13:11

0 赞同

老师你好,最近我在使用tbtool的blast时发生报错

没有用过tbtools里面的blast,可能软件安装还是有问题吧,建议使用biolinux里面的blast:https://www.omicsclass.com/article/526 或者使用我们的docker:https://www.omicsclass.com/article/1181  使用示例:https://www.omicsclass.com/article/1189

回答于 2020-04-15 13:10

0 赞同

如何提取一个冷门物种(NCBI下载)的CDS序列

可以看看这个问题,里面有些代码,你可以试试: https://www.omicsclass.com/question/584 建议学习perl: perl入门到精通、perl语言高级

回答于 2020-04-15 13:06

0 赞同

请问老师有没有get_gene_position.pl,get_gene_bed.pl,get_fa_...

脚本下载课程参考资料处下载:

回答于 2020-04-14 16:27

0 赞同

bootstrap consensus tree的nwk文件不能正常打开

MEGA 导出 nwk格式的进化树就好了

回答于 2020-04-14 13:27

0 赞同

老师您好,我想问下如何用hmmsearch在数据库中搜索同时具有两个...

搜索两次,结果去交集就好了; 不知道你的失败是啥意思? 结果没有,还是运行出错?

回答于 2020-04-14 13:25

0 赞同

老师您好,我在用plantcare分析启动子时,提交序列之后报错,具...

这个提交一个fasta文件吧:

回答于 2020-04-14 13:24