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怎么利用公开的转录组做基因家族的表达分析，还有GEO和SRA的区别...
GEO一般收录基因芯片的表达数据，但是也有高通量的测序数据上传到了GEO，具体的数据你需要查看说明； SRA为NCBI提供的专门收留高通量原始测序数据的一个数据库，好多杂志要求发文是公开数据那么作者一般会上传NCBI的SRA数据库； 一般做基因家族分析，最后可以利用转录组数据，看看基因家族成员的基因表达模式等等； 如...
回答于 2020-04-28 10:55
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老师好，请问在做McscanX分析时，从gff提取的geneID与pep.fa文件...
建议不要从NCBI下载基因组，因为NCBI上的基因组会对基因ID，染色体等重新编号，使用起来非常麻烦； 你可以到其他地方下载基因组。
回答于 2020-04-27 11:07
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blast比对之后
得到蛋白序列，后续可以做进化树，基因结构，meme motif等分析：https://www.omicsclass.com/article/525
回答于 2020-04-27 10:47