mycelltype 这个分组的细胞只有一种细胞类型,你检查你的leaf.added.celltype.qs 的metadata文件看看这一列是不是只有一组; 打开R脚本cell_trajectory_monocle3.r,把这些行删除,或者 行前面加上 # 号,不运行这个绘图试试:
回答于 2025-09-25 09:24
基因是在细胞中表达,不明白你 : 提取TIP这个maker基因 是什么意思?是想提取TIP高表达的细胞吗?你可以这样: Rscript $scripts/subset_seurat_obj.r --rds cluster3.qs --subset 'TIP >1' -p cluster3.TIP
回答于 2025-09-25 09:12
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回答于 2025-09-24 09:24
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回答于 2025-09-24 09:22
对的可以的,设置自己喜欢的16进制颜色列表:https://htmlcolorcodes.com/zh/ 例如: 多个颜色加引号,空格隔开,颜色数量要和分组数量相同 Rscript $scripts/seurat_DimPlot.r -i oscc.added.celltype.qs \ --reduction umap --label --group.by celltype \ -p DimPlot.tsne --pt.size 0.1 \--cols "#D1C3AD" "#EEE5...
回答于 2025-09-22 10:37
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回答于 2025-09-17 09:28
文件路径错误 有问题,你cd过去看看的: linux基础不好学习课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/17gwqZ
回答于 2025-09-15 15:30