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小鼠单细胞转录组方法参考 method

小鼠单细胞转录组方法

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omicsgene
发布于 5天前
阅读 ( 61 )

python版本xpclr报错

报错内容： ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下，基本上是这个脚本的第六行存在调用： ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-package...

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Ti Amo
发布于 2026-01-21 15:57
阅读 ( 72 )

人类免疫细胞marker基因

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omicsgene
发布于 2026-01-19 17:48
阅读 ( 164 )

肺癌细胞类型marker基因

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omicsgene
发布于 2026-01-18 09:44
阅读 ( 99 )

rocky9 手动安装新罗马字体

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omicsgene
发布于 2026-01-13 16:02
阅读 ( 105 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)

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omicsgene
发布于 2026-01-13 14:21
阅读 ( 106 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE131907)

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omicsgene
发布于 2026-01-13 14:05
阅读 ( 158 )

gsea-msigdb 数据下载

进行gsea分析的时候需要gmt文件，需要到官网进行下载。官网需要注册一下才可以进行下载。官网网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp 直接进入http://www.gsea-msigdb.org/gsea/d...

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Ti Amo
发布于 2026-01-09 15:33
阅读 ( 198 )

zhanglab 生信文章

张泽民生信文章

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omicsgene
发布于 2026-01-09 10:24
阅读 ( 121 )

PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text

报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/biosoft/hmmer/squid/:$PATH

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Ti Amo
发布于 2026-01-08 13:25
阅读 ( 109 )

孟德尔随机化(MR)

前面的文章中我们给大家介绍过eQTL和sQTL的概念, 大体总结一下，eQTL是指基因组上的一些突变可以改变相关基因的表达，sQTL是指这些突变同时也会导致可变剪接的差异,实际上这两个都是归于一个叫...

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xun
发布于 2026-01-05 17:41
阅读 ( 248 )

宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

宏基因组的基因组binning（分箱，即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中）是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binnin...

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xun
发布于 2026-01-05 17:33
阅读 ( 199 )

LeafCutter可变剪切注释

目前主流的探究转录组数据的可变剪切的算法是基于estimate isoform ratios 或者 exon inclusion levels ,但是可变剪切本跟正常转录本重合的比例很大，存在技术误差也，且他依赖于基因现有的注释...

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xun
发布于 2026-01-05 17:27
阅读 ( 146 )

命令并行思路

大多数人在服务器上运行命令的时候,爱使用循环或者逐条运行,这其实无法发挥服务器的性能,在不用花的时间上浪费了很多时间,本期我们来从简入难,汇总一下服务器并行的思路 01 — 基础并行,不...

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xun
发布于 2026-01-05 17:19
阅读 ( 133 )

多组学联合分析—桑基图

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安生水
发布于 2026-01-05 17:15
阅读 ( 297 )

一文教你绘制GO富集分析弦图，简单又好看

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安生水
发布于 2026-01-05 17:08
阅读 ( 312 )

IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析，并分析其在魔芋中的表达

“ 2025年12月 Frontiers in plant science杂志发表了一篇题为“Genome-wide characterization of WRKY family genes in four araceae species and their expression analysis in Amorphophallu...

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rzx
发布于 2026-01-05 16:58
阅读 ( 186 )

选择清除分析之XP-EHH

在群体遗传学中，选择清除、连锁不平衡和单倍型是三个紧密关联的核心概念，它们共同帮助我们理解自然选择如何在基因组上留下印记。今天先来说说选择清除分析。一、核心概念解析选择清除：...

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Ti Amo
发布于 2026-01-04 09:54
阅读 ( 243 )

STAR构建基因组索引报错

报错提示： Fatal LIMIT error: the number of junctions to be inserted on the fly =1412348 is larger than the limitSjdbInsertNsj=1000000Fatal LIMIT error: the number of junctions to...