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组装"预实验" | 基因组调研图

基因组调研图有助于了解即将组装的这个物种的基因组复杂程度，为后续的正式的基因组组装去提供一些依据。基因组的复杂程度可以从基因组大小，倍性，杂合度，重复率等方面去进行评价。 用什么来...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-07-30 15:39
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SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...

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  • xun
  • 发布于 2024-07-25 15:37
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RunUMAP函数报错,

执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :   function '...

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  • xun
  • 发布于 2024-07-25 14:15
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绘制全基因组甲基化图谱

绘制全基因组甲基化图谱

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  • 安生水
  • 发布于 2024-07-25 14:08
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-25 11:01
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B/T细胞分类：

B细胞分类：

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  • 发布于 2024-07-25 09:50
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-24 16:38
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌（NSCLC）(GSE127465)

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-07-24 11:11
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biom格式的文件如何转化

biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...

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  • xun
  • 发布于 2024-07-23 15:29
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

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  • 发布于 2024-07-23 10:33
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

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  • 发布于 2024-07-22 18:21
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R语言跑循环，如何跳过报错信息？

当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息

甲基化水平如何计算

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  • 安生水
  • 发布于 2024-07-11 09:51
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add a Convex Hull with module

有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 library(ggforce) 主要是加了最后一行,的geom_mark_hull...

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  • xun
  • 发布于 2024-07-11 09:20
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pySCENIC转录因子分析结果解读

pySCENIC转录因子分析结果解读

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  • 发布于 2024-07-09 12:05
  • 阅读 ( 6914 )

对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？

我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包

空间转录组数据预处理

​空间转录组简介 空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...

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  • xun
  • 发布于 2024-07-02 15:56
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eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题

单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

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  • 发布于 2024-06-27 14:03
  • 阅读 ( 3152 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

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  • 发布于 2024-06-27 13:48
  • 阅读 ( 4606 )