lncRNA调控预测
3种lncRNA互作模式的预测
lncRNA的研究越来越热，但是lncRNA主要是做为基因功能的调节者，发挥关键作用的还是编码蛋白的基因。所以，做lncRNA分析的关键是将lncRNA与其他分子进行关联。基于lncRNA能通过不同的作用机理与各类分子进行相互作用，今天我们介绍3个对lncRNA功能进行预测的网站，这些网站操作简单，容易上手操作。
1. lncRNA-miRNA相互作用预测：LncBase
lncRNA做为miRNA的靶基因，可以同基因竞争结合miRNA,从而形成内源性的竞争网络（ceRNA 网络）调节基因的表达。LncBase网站能对人类的miRNA和lncRNA 相互作用进行预测。
网站页面简洁，使用方便，输入miRNA和lncRNA的 ID编号即可预测。
支持基于实验验证数据的预测，也支持基于算法的电子预测
如果有大量的miRNA或lncRNA需要进行批量的预测，也可以下载该数据库里的数据，进行本地的预测。
2. lncRNA-RNA互作预测分析：LncTar
lncRNA除了跟miRNA进行相互作用以外，还可以通过碱基互补配对的方式同其他类型的编码或者非编码RNA 进行相互作用。LncTar网站就可以对这种互补配对关系进行预测。
网站的使用也非常的方便，只需要输入lncRNA 和target的RNA序列即可。
网站支持预测软件的下载，方便在本地进行大规模的预测分析
3. lncRNA-蛋白互作预测分析：LncPro
lncRNA 除了能通过碱基互补配对的方式同一些RNA进行相互作用以外，还可以通过一定的空间结构与蛋白进行相互的作用。LncPro能对这种相互作用关系进行预测。
网站操作简单，输入lncRNA和蛋白质的序列即可进行相关作用的预测
支持预测软件的下载，方便在本地机器上对大量的lncRNA和蛋白相互作用关系进行预测。
通过这三类相关作用关系的预测，方便找到关键的lncRNA进行进一步的研究。
如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程：
- 发表于 2018-10-12 11:30
- 阅读 ( 9101 )
- 分类：lncRNA
