lncRNA调控预测

3种lncRNA互作模式的预测

lncRNA的研究越来越热,但是lncRNA主要是做为基因功能的调节者,发挥关键作用的还是编码蛋白的基因。所以,做lncRNA分析的关键是将lncRNA与其他分子进行关联。基于lncRNA能通过不同的作用机理与各类分子进行相互作用,今天我们介绍3个对lncRNA功能进行预测的网站,这些网站操作简单,容易上手操作。

1. lncRNA-miRNA相互作用预测:LncBase

lncRNA做为miRNA的靶基因,可以同基因竞争结合miRNA,从而形成内源性的竞争网络(ceRNA 网络)调节基因的表达。LncBase网站能对人类的miRNA和lncRNA 相互作用进行预测。

  1. 网站页面简洁,使用方便,输入miRNA和lncRNA的 ID编号即可预测。

  2. 支持基于实验验证数据的预测,也支持基于算法的电子预测

  3. 如果有大量的miRNA或lncRNA需要进行批量的预测,也可以下载该数据库里的数据,进行本地的预测。

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2. lncRNA-RNA互作预测分析:LncTar

lncRNA除了跟miRNA进行相互作用以外,还可以通过碱基互补配对的方式同其他类型的编码或者非编码RNA 进行相互作用。LncTar网站就可以对这种互补配对关系进行预测。

  1. 网站的使用也非常的方便,只需要输入lncRNA 和target的RNA序列即可。

  2. 网站支持预测软件的下载,方便在本地进行大规模的预测分析

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3. lncRNA-蛋白互作预测分析:LncPro

lncRNA 除了能通过碱基互补配对的方式同一些RNA进行相互作用以外,还可以通过一定的空间结构与蛋白进行相互的作用。LncPro能对这种相互作用关系进行预测。

  1. 网站操作简单,输入lncRNA和蛋白质的序列即可进行相关作用的预测

  2. 支持预测软件的下载,方便在本地机器上对大量的lncRNA和蛋白相互作用关系进行预测。

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通过这三类相关作用关系的预测,方便找到关键的lncRNA进行进一步的研究。





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  • 发表于 2018-10-12 11:30
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  • 分类:lncRNA

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