PAF比对文件说明-minimap

PAF比对文件说明

PAF格式

1、PAF格式

paf格式为minimap2默认输出格式，结果至少包括12列：

Col	Type	Description
1	string	Query序列ID
2	int	Query序列长度
3	int	Query比对开始位置（*based）
4	int	Query比对结束位置（*based）
5	char	如果query/target是正链关系，’+’表示；负链关系，’-‘表示
6	string	Target序列ID
7	int	Target序列长度
8	int	Target比对开始位置
9	int	Target结束开始位置
10	int	比对上的碱基数 (matching bases)
11	int	对齐区域长度（包括gaps）
12	int	比对质量（0-255）

标签说明：

Tag	Type	Description
tp	A	aln类型：P/primary, S/secondary and I,i/inversion
cm	i	Number of minimizers on the chain
s1	i	Chaining score
s2	i	Chaining score of the best secondary chain
NM	i	Total number of mismatches and gaps in the alignment
MD	Z	To generate the ref sequence in the alignment
AS	i	DP alignment score
SA	Z	List of other supplementary alignments
ms	i	DP score of the max scoring segment in the alignment
nn	i	Number of ambiguous bases in the alignment
ts	A	Transcript strand (splice mode only)
cg	Z	CIGAR string (only in PAF)
cs	Z	Difference string
dv	f	Approximate per-base sequence divergence
de	f	Gap-compressed per-base sequence divergence
rl	i	Length of query regions harboring repetitive seeds

发表于 6小时前
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