GATK4进行变异检测是否可以多线程

GATK4

本地跑GATK4的时候发现,它的参数设置中竟然没有多线程的参数,这和GATK3有点大不同,因为在GATK3中我们可以用-nt或者-nct来设定多线程运行,但是GATK4却没有类似的参数,这是为啥呢?早有研究者问过GATK的团队,官方的回答简单粗暴,没有!

话虽如此,但GATK团队实际上还是留下了唯一的一个例外!那就是HaplotypeCaller中最消耗计算资源的模块——pariHMM,这个是可以本地单独多线程的!通过“--native-pair-hmm-threads”这个参数来设置,它默认是4,功能有些隐蔽!

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5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

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  • 发表于 2022-10-25 09:50
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  • 分类:软件工具

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安生水
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