本地跑GATK4的时候发现，它的参数设置中竟然没有多线程的参数，这和GATK3有点大不同，因为在GATK3中我们可以用-nt或者-nct来设定多线程运行，但是GATK4却没有类似的参数，这是为啥呢？早有研究者问过GATK的团队，官方的回答简单粗暴，没有！
话虽如此，但GATK团队实际上还是留下了唯一的一个例外！那就是HaplotypeCaller中最消耗计算资源的模块——pariHMM，这个是可以本地单独多线程的！通过“--native-pair-hmm-threads”这个参数来设置，它默认是4，功能有些隐蔽！
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