pfam 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法:

方法一:

利用Pfam网站下载,此网站可以用到2023年1月,之后将停用,现在如果使用PFam网站下载,方法如下:(此方法仅适合在2023年1月之前使用):



attachments-2022-10-KSsQ0xPz63590632adfab.png打开 

attachments-2022-10-tL6AZxnn6359063ef150b.png


attachments-2022-10-2tRPaKFE63590682cade4.png
attachments-2022-10-oHInQkuq635906539ec2e.png

attachments-2022-10-qI4ncv9r635906ac68cdd.png


attachments-2022-10-vRj4Kuli635906c6ea132.png

以上下载的是结果是文本文件,可以直接用notepad++等软件直接打开。

结果如下:
attachments-2022-10-v1RRu7tO6359082834257.png



方法二:

之前是利用pfam网站进行下载,下载pfam网站合并到interpro网站当中了,具体下载方法如下:

interpro网站网址:

https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/

点击进入网站:

如图:

attachments-2022-10-sgxXfO3C63522aee84700.png


点击search,点击ByText,如图:


attachments-2022-10-mpSLJtVq63522b22aa9b9.png


输入收索内容:
attachments-2022-10-cuvHTwfe63522b6fafdce.png

根据自己需要点击结果:
attachments-2022-10-ojanNvXA63522b9db942b.png

下载
attachments-2022-10-iv7zmzfQ63522bb9005b9.png

注意:这是一个二进制文件,是压缩的文件,后面尾缀的  .gz 是没有显示的。

attachments-2022-10-NngsEzGM635908b6336f6.png

直接打开:
attachments-2022-10-J0ptCGql635908df11e72.png

上传的到Linux上。将其加上尾缀 .gz,然后解压:命令:gunzip  PF00847.hmm.gz

然后打开就是文本文件。

如图:

attachments-2022-10-6UsRZWq5635a238272b00.png


方法三:

首先还是进入 interprovincial网站,按以下依次点入,
attachments-2022-10-com5omUE635a252000171.png


attachments-2022-10-ujWvb9t7635a25d7c6f6b.png

点击Download,下载


attachments-2022-10-1dKwQhqz635a26166916e.png

输入命令:hmmbuild -o /dev/null HMM SEED


attachments-2022-10-ZjCzwhfH635a272ba97ca.png

结果如下:


attachments-2022-10-0KtnLYhJ635a27eb2890f.png

便可以得到文本文件,只不过和发方法二的数据存在一定差异,猜测:可能是数据转换计算导致的


  • 发表于 2022-10-21 13:21
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  • 分类:软件工具

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生信阿姨
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