TCGA 拷贝数变异下载 CNA

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#Masked Copy Number Segment, 此表是在上面数据上过滤掉了一些与生殖和性染色体相关的数据。
#Copy Number Segmentation, 得到一个基因区间和此区间的拷贝数的表,共6列。最后一列Segment_Mean值就是 log2(copy_number/ 2), 正常来说人是二倍体生物则此value值为0,如果拷贝数小于2(删除)则小于0,拷贝数大于2(扩增)则大于0.


query <- GDCquery(project =  "TCGA-STAD",
                  data.category = "Copy Number Variation",
                  data.type = "Gene Level Copy Number",   #  Gene Level Copy Number , Masked Copy Number Segment,Copy Number Segment
                  #workflow.type = "STAR - Counts",  # 数据已经合并 可以直接提取
                  #sample.type = sample_type,
                  legacy = FALSE)
GDCdownload(query )
cnv.data <- GDCprepare(query )
write.table(data.frame(cnv.data,check.names = F), file ="cnv.tsv", sep="\t",row.names =F, quote = F)


  • 发表于 2022-08-22 20:34
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  • 分类:TCGA

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