split_sample.r根据生存数据对样本随机分组
split_sample.r根据生存数据对样本随机划分训练集测试集
使用方法:
usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion]
[-o outdir] [-n name]
The complete data set is randomly divided into training set and test set
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i input, --input input
input matrix data [required]
-e event, --event event
input event list ,default:EVENT
-t time, --time time input time list,default:TIME
-p propotion, --propotion propotion
input propotion of train set to test set,default:0.6
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
-n name, --name name output file name prefix [default demo]
参数说明：
-i 输入矩阵文件
-e 文件中生存事件列名，默认为EVENT
-t 文件中生存时间列名，默认为TIME
-p 根据生存数据划分的训练集与测试集之间的比例，默认为6：4
-o 输出文件路径
-n 指定输出文件名字
使用举例：
Rscript split_sample.r -i ../project/zx-20210908-381-TCGA_CHOL/01_meta/survival_time.tsv
结果展示：
- 发表于 2022-01-07 13:47
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- 分类：R
