split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

split_sample.r根据生存数据对样本随机划分训练集测试集

使用方法:

usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion]
                      [-o outdir] [-n name]

The complete data set is randomly divided into training set and test set

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input, --input input
                        input matrix data [required]
  -e event, --event event
                        input event list ,default:EVENT
  -t time, --time time  input time list,default:TIME
  -p propotion, --propotion propotion
                        input propotion of train set to test set,default:0.6
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -n name, --name name  output file name prefix [default demo]

参数说明:

-i    输入矩阵文件
-e    文件中生存事件列名,默认为EVENT
-t    文件中生存时间列名,默认为TIME
-p    根据生存数据划分的训练集与测试集之间的比例,默认为6:4
-o    输出文件路径
-n    指定输出文件名字

使用举例:

Rscript split_sample.r -i ../project/zx-20210908-381-TCGA_CHOL/01_meta/survival_time.tsv

结果展示:

attachments-2022-01-mJKVqDVM61d7d3d2c0451.png

  • 发表于 2022-01-07 13:47
  • 阅读 ( 376 )
  • 分类:R

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