samtools之index

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令,其中有index用于建立索引,使之快速访问bam文件。

必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。

Usage: samtools index <in.bam> [out.index]

Options:
    -b    Generate BAI-format index for BAM files[default]

    samtools index -b xx.bam  建立索引后将产生后缀为.bai的文件

    -c    Generate CSI-format index for BAM files

    samtools index -c xx.bam  建立索引后将产生后缀为.csi的文件  

    -m    INT    Set minimum interval size for CSI indices to 2^INT [14]

    samtools index -c -m 10 xx.bam  建立索引后将产生后缀为.csi的文件,且m间隔值>2^INT



  • 发表于 2021-09-17 16:18
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