蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

在 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用 这篇文章中介绍了如何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少(11个样品以内)的分析,但是如果样品特别多(比如有18个样品)时,标记是不够用的,...

蛋白质定量—MaxQuant软件的使用 这篇文章中介绍了如何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少(11个样品以内)的分析,但是如果样品特别多(比如有18个样品)时,标记是不够用的,这时候可以将样品分成3组分析,每组使用6标测序。然后再使用MaxQuant定量。MaxQuant定量方法如下:

1.导入数据并分组

这里每组6个样品有9个原始数据文件,将每组对应的Parameter group 和 Experiment 设为一组,Fraction 设为1-9。如下图所示:

attachments-2021-08-0CW2S6TV610a38a2749df.png
2.设置每组所使用的标记

在“组特定参数” 这里设置每组使用的标记,Group0、Group1、Group2三组都使用的6plex TMT。

attachments-2021-08-LUMMX8F7610a3a6d07a00.png

3.设置全局参数

Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。并设置Taxonomy ID,输入物种拉丁文名称即可得到。

attachments-2021-08-aUmMIAaC610a3b89934c0.png

4.点击开始,启动运行。



5.将定量结果跑蛋白质流程。(可忽略)

跑流程是需要提供2个文件,第一个是sample_label.txt,如下所示:

attachments-2021-08-MYuUyV6Z610a3e0e096f8.png

第一列为样品id,第2列为样品使用的标记。

第二个文件为sample_info.txt,如下图所示:

attachments-2021-08-KZfFFjJf610a3d453862c.png该文件为3组样品的信息,每6行为一组。

第一列由Reporter intensity 1开始,逐行累加,直到该组结束,下组重新由1开始。

第二列为样品名称,样品名称顺序与所使用标签顺序保持一致。

第三列为样品所属生物学重复分组。

第四列为生物学重复。

第五列为所属分组,与 1 中Experiment保持一致。



好了今天先介绍到这里,你也动手去试试吧!



此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

https://study.omicsclass.com/

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

331 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 658 文章
  2. 安生水 331 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 68 文章
  8. rzx 68 文章