2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

总有人问:“基因家族分析还能发文章吗?”当你还在犹豫时,人家已经向2区期刊进发了!今天给大家分享一篇2021年7月8日(上周四)发表于BMC Plant Biology(2区,IF=3.497)题为“Genome-wide anal...

总有人问:“基因家族分析还能发文章吗?”当你还在犹豫时,人家已经向2区期刊进发了!今天给大家分享一篇2021年7月8日(上周四)发表于BMC Plant Biology(2区,IF=3.497)题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文章,看看它是如何发到2区期刊的。

文章简介

MYB是植物中最大的转录因子家族之一,是一类能与真核基因启动子区域特异性相互作用的DNA结合蛋白,MYB转录因子通过彼此之间或与其他相关蛋白之间的相互作用调控基因的表达。MYB家族已见报道于多种植物,木麻黄中仍未见报道,故作者通过本文系统研究了木麻黄中MYB家族情况及其在盐胁迫中的响应机制。

文章内容

1. 木麻黄中MYB家族基因的鉴定
作者通过下载MYB隐马可夫模型,通过HMM软件鉴定MYB家族基因,共鉴定出182个MYB家族基因,命名为CeqMYB1— CeqMYB182;分析了序列长度、等电点及表达部位等信息。

2. 木麻黄MYB家族基因进化及分类分析

作者根据MYB保守结构域数量将该家族分为3个类型:69个1R-MYB 蛋白、107个R2R3-MYB 蛋白和4个R1R2R3-MYB蛋白,分别构建了拟南芥MYB和木麻黄MYB家族基因系统发育树,比较发现木麻黄MYB分群和拟南芥中MYB分群具有较高的一致性,如下图:

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3. 木麻黄MYB基因结构和Motif分析

作者进一步分析MYB家族基因的Motif,并按不同分群分别介绍了相应Motif特点及可能的功能。

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4. MYB家族直系同源与旁系同源基因

作者根据系统发育树和BLASTN方法,共鉴定出53个直系同源基因和54个旁系同源基因,并计算Ka/Ks,发现负向选择(纯化选择)在木麻黄MYB家族基因进化中起重要作用。

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5. 木麻黄MYB家族基因表达谱分析及Go功能注释

根据转录组数据,作者分析了200mm Nacl不同处理时间下182个MYB基因的表达情况及功能注释信息。

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6. MYB家族基因顺式作用元件分析

作者分析了182个MYB家族基因启动子区域顺式作用元件,并绘图展示了32个基因中激素响应、植物生长与发育和生物/非生物胁迫3类顺式作用元件。

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7. 木麻黄MYB家族基因表达QPCR验证

QPCR验证是必须要做的,作者选了32个MYB家族基因,验证了其在不同盐浓度下根和茎中的表达情况。

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总结

以上就是该篇基因家族文章的全部内容,除了QPCR外均为生信分析内容,那么他是如何发到2区期刊的?我读这篇文章后最大的感触是写的很细致,比如系统发育树部分与拟南芥MYB的比较,Motif分析以及表达热图QPCR验证部分,佐证之图表也较其他3-4区文章要多;至于其他写作技巧、英文功底这里不做评判。基因家族分析发2区文章现在也是越来越多,小编简单检索了一下就发现2021年上半年就近180篇。

attachments-2021-07-KhBQprpx60ee76c3a3ea9.jpg基因家族+高级分析或者基因家族分析+实验发2区期刊,较其他实验类文章还是相对比较容易的,那么都有哪些高级分析?需要做哪些实验呢?假如您有此类发文需求请加微信:llcheng1314,我们将免费为您设计文章方案!

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