不同物种间的共线性分析,如何配置simple文件,在图中标出红色

attachments-2018-11-ySdJxUVG5be334164168d.jpg最后这些标色号的序列如何筛选出来,之后运行什么脚本标色

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你贴图的这个文件(*simple)里面是基因组所有的共线性区域文件(拟南芥 vs 白菜)简化的,一行就是一对共线性区域。

所有基因的共线性关系,一一对应文件:*.anchors.new(详细版本区域内基因一一对应关系),可以在这个文件里面找到所有的拟南芥的WRKY(前面分析的)和白菜的WRKY基因(别人文献下载的),对应关系给筛选出来,可以用excel的Vlookup完成。 筛选出来的结果用于制作你贴图中的内容,然后重新绘制就可以完成下图:

attachments-2018-11-pHgBxb435be399bf2f614.jpg




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