基因家族分析linux软件安装列表

基因家族分析linux软件安装列表

以下软件请安装linux版本,安装方法可看软件安装说明,:

hmmsearch:  http://hmmer.org/

perl: https://www.perl.org/get.html  记得安装bioperl包

blast :https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

mcscanX:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/

java JDK:https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

clustalw:http://www.clustal.org/clustal2/

circos:http://circos.ca/software/download/circos/

python:https://www.python.org/

python 版本的mcscan:https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

meme motif分析:http://meme-suite.org/doc/download.html

samtools :http://samtools.sourceforge.net/

KaKs_Calculator2.0  :https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/

安装完成之后,记得添加路径到环境变量PATH中,方便使用;

更多可学习:linux系统的使用

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