5分钟看懂KEGG代谢通路图

ko、map等开头的代谢图有啥区别?里面的点、线、不同颜色都代表什么含义?看完这篇就懂啦!


做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生,今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图,ko、map等开头的代谢图有啥区别?里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。


KEGG Pathway分类

一般,KEGG中存在三大类代谢图,每个数据路的pathway都有相应的唯一编号,如map00010,据此可在kegg数据库官网查询

第一类、reference pathway:根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色,方便个性化填充颜色,在KEGG中名字以map开头,节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应,比如map00010;

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010

attachments-2018-04-sXkTzeOg5ad9ed18e43b7.jpg


第二类、species-specific pathway:物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如人的糖酵解通路图,hsa00010。

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010

attachments-2018-04-M3bFlLT85ad9ed2d95c9b.jpg


第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway:ko通路中的节点只代表基因;ec通路中的节点只代表相关的酶;rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。

例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型:

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010

attachments-2018-04-VbxkN5ZE5ad9ed91ebab6.jpg


图中的符号的解释:

代谢通路图中,attachments-2018-06-u80nz89H5b35b87e2677c.jpg一般就是酶,方框里面的数字代表EC编号;attachments-2018-06-417oI03M5b35b88ef353f.jpg小圆圈代表代谢物,点开会出现C00668的信息,C代表compound,00668是这种化合物在KEGG中的编号。

具体官方解释如下(附链接):http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

attachments-2018-04-s8JByeZE5ad9eda955c10.jpg

翻译结果(来自网络仅供参考):


attachments-2018-04-Q6KoXFGZ5ad9edc72d8dd.jpg

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  • 发表于 2018-04-20 21:41
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  • 分类:转录组

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